结论前置：开除法人（即法定代表人）并非通过直接“开除”的方式实现，而是需通过变更公司法定代表人登记这一法律程序来完成，且该程序与公章是否在法人手中无直接必然联系，但公章的保管情况可能在实际操作中影响流程推进。以下分情况详细说明：
1. 若法人同时担任公司董事/经理等职务且存在法定解除事由
- 法律依据：根据《公司法》第十三条，公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任。因此，若要变更法定代表人，通常需先解除其董事长、执行董事或经理职务。
- 解除事由：
- 股东会决议：若法人存在《公司法》规定的损害公司利益等行为（如挪用资金、违规担保等），股东会可召开会议，经代表三分之二以上表决权的股东通过，作出解除其职务的决议。
- 章程约定：若公司章程规定了其他解除职务的情形（如任职期限届满、考核不达标等），也可依据章程执行。
- 公章影响：若公章在法人手中，其可能拒绝配合签署股东会决议等文件。此时，公司可：
- 挂失补办公章：向公安机关报案并登报声明公章作废，重新刻制公章（需提供股东会决议、营业执照等材料）。
- 诉讼解决：若法人拒不交出公章，公司可起诉其损害公司利益，要求返还公章并赔偿损失。
2. 若法人不担任董事/经理职务或无法通过股东会解除
- 变更登记程序：
- 新任法定代表人选定：根据公司章程或股东会决议，确定新任法定代表人（需符合担任条件，如无禁止性情形）。
- 工商变更登记：向公司登记机关提交以下材料：
- 公司法定代表人签署的《公司变更登记申请书》；
- 股东会决议（或董事会决议，若法人由董事会选举）；
- 新任法定代表人的任职文件及身份证明；
- 原法定代表人的免职证明；
- 公司营业执照副本。
- 公章影响：若公章在法人手中，其可能拒绝签署变更登记申请书等文件。此时，公司可：
- 通过诉讼确认决议效力：若股东会决议合法有效，可起诉要求法人配合办理变更登记。
- 强制执行：法院判决后，若法人仍不配合，可申请法院强制执行，由登记机关直接办理变更登记。
3. 特殊情形：法人失联或拒不配合
- 公告程序：若法人失联，公司可在报纸上刊登公告，声明原法定代表人已免职，并指定临时负责人代行职权，同时向登记机关申请变更登记。
- 司法解散：若公司陷入僵局（如股东会无法召开、董事冲突无法解决等），符合《公司法》第一百八十二条规定的，股东可申请法院解散公司，并在清算程序中变更法定代表人。
操作建议
- 完善公司治理：在公司章程中明确法定代表人的选任、免职程序及公章保管规则，减少纠纷风险。
- 保留证据：在解除法定代表人职务过程中，注意保留股东会决议、通知送达记录、公章保管证据等材料。
- 及时咨询：若遇到法人拒不配合或公章争夺等复杂情况，建议及时向我咨询，制定具体解决方案。
总结：开除法人需通过变更法定代表人登记程序实现，公章在法人手中可能增加操作难度，但可通过挂失补办、诉讼等途径解决。具体操作需结合公司章程、股东会决议及实际情况推进。