关于运输合同、仓储合同、保管合同印花税是否存在少缴的问题，需分情况讨论：
一、运输合同
印花税规定：
- 根据《中华人民共和国印花税法》及所附的《印花税税目税率表》，运输合同属于印花税的应税凭证范畴。具体来说，货物运输合同（包括国内各种运输货物联运合同）的印花税税率为运输费用的万分之五（部分情况下可能为万分之三，具体依据最新税法规定），计税依据为运输费用金额。
少缴风险：
- 如果运输合同的双方当事人在签订合同时未按照规定的税率和计税依据缴纳印花税，则存在少缴的风险。这可能是由于对税法规定不了解、故意隐瞒或计算错误等原因导致的。
建议：
- 运输合同的双方当事人在签订合同时，应明确合同中的运输费用金额，并按照规定的税率和计税依据计算并缴纳印花税。如有疑问，可咨询当地税务部门或专业律师。
二、仓储合同与保管合同
印花税规定：
- 仓储合同：根据《中华人民共和国印花税法》及所附的《印花税税目税率表》，仓储合同属于印花税的应税凭证范畴，税率为仓储费的千分之一，计税依据为仓储合同中明确记载的仓储费金额。
- 保管合同：保管合同在印花税法中并未被明确列为应税凭证。一般来说，除非保管合同具有货物运输或仓储的性质，且被明确归类为应税合同，否则通常不需要缴纳印花税。但需注意，如果保管合同中包含了仓储服务的内容，且该部分服务被视为仓储合同的一部分，则可能需要按照仓储合同的规定缴纳印花税。
少缴风险：
- 对于仓储合同，如果双方当事人在签订合同时未按照规定的税率和计税依据缴纳印花税，则存在少缴的风险。
- 对于保管合同，如果合同中包含了应税的仓储服务内容但未被正确识别或计算印花税，也可能存在少缴的风险。
建议：
- 仓储合同的双方当事人在签订合同时，应明确合同中的仓储费金额，并按照规定的税率和计税依据计算并缴纳印花税。
- 保管合同的双方当事人在签订合同时，应仔细审查合同内容，确定是否包含应税的仓储服务内容。如果包含，则应按照仓储合同的规定缴纳印花税；如果不包含，则通常不需要缴纳印花税。但为确保合规，建议咨询当地税务部门或专业律师。
三、综合建议
关注税法变化：
- 印花税法及其相关规定可能会随时间变化而调整。因此，企业在处理运输合同、仓储合同和保管合同时，应持续关注最新的税收政策动态，确保自身税务处理的合规性。
咨询专业人士：
- 在签订合同前或处理税务问题时，建议咨询当地税务部门或专业律师。他们可以提供准确的法律意见和指导，帮助企业避免不必要的税务风险。
准确计算和缴纳：
- 企业在日常财务管理中，应准确计算和缴纳应缴税额。这包括正确识别应税合同类型、计算计税依据和适用税率等。如有任何疑问或不确定之处，应及时咨询专业人士以获取准确的法律意见和指导。
如有任何关于运输合同、仓储合同或保管合同印花税的具体问题或疑虑，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律意见和指导。