购买苗木时，收到物流运输费是合法的，但具体是否合理及合法需视情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 合同中有明确约定：

   • 如果在购买苗木的合同中，双方明确约定了物流运输费由哪一方承担，那么按照合同约定执行即可。例如，合同中可能规定“买方承担苗木价格及物流运输费”，或者“卖方负责苗木价格，物流运输费由买方另行支付”。在这种情况下，收到物流运输费是合法的，因为它是合同双方自愿约定的结果。

2. 合同中未明确约定：

   • 如果合同中没有明确约定物流运输费的承担方，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，双方可以协商补充约定。如果协商不成，则可能需要根据交易习惯、行业惯例或者公平原则来确定费用的承担方。在这种情况下，如果卖方要求买方支付物流运输费，且买方同意，那么这一行为也是合法的。

二、法律规定角度

• 在没有合同约定或者合同约定不明确的情况下，物流运输费的承担可能受到相关法律法规的调整。例如，如果卖方在销售苗木时，未明确告知买方需要承担物流运输费，且这一费用在行业内并非惯例，那么卖方在事后要求买方支付可能构成违约或者不当得利。然而，在大多数情况下，物流运输费作为商品交易中的一项常规费用，其承担方通常会在合同中明确约定。

三、实际操作建议

1. 审查合同条款：

   • 在购买苗木前，务必仔细审查合同条款，特别是关于物流运输费的承担方的约定。确保自己清楚了解并同意合同中的所有条款。

2. 协商补充约定：

   • 如果合同中没有明确约定物流运输费的承担方，或者约定不明确，建议与卖方进行协商，达成补充约定。这有助于避免后续纠纷的发生。

3. 保留相关证据：

   • 在支付物流运输费时，务必保留好相关证据，如支付凭证、合同复印件等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将成为重要的证明材料。

总结来说，购买苗木时收到物流运输费是否合法，主要取决于合同中的约定以及相关法律法规的调整。在大多数情况下，如果合同中有明确约定或者双方协商一致，那么收到物流运输费是合法的。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。