单位仅以员工查出乙肝为由解除劳动合同，通常是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国就业促进法》第三十条：明确规定用人单位招用人员，不得以是传染病病原携带者为由拒绝录用。除非该工作易使传染病扩散，且被法律、行政法规或国务院卫生行政部门明确禁止。乙肝主要通过血液、母婴和性接触传播，不会通过日常的工作接触传播，因此，单位不得以此为由解除劳动合同。
《关于维护乙肝表面抗原携带者就业权利的意见》第二条：也明确指出，应保护乙肝表面抗原携带者的就业权利，除特定禁止从事的工作外，不得以此为由拒绝招用或辞退。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条：特别规定，劳动者患病或非因工负伤且在规定的医疗期内，用人单位不得随意解除劳动合同。乙肝病毒携带者并不属于法律禁止就业的群体，对于大多数职业，用人单位不能因员工是乙肝患者或携带者而予以辞退。
二、乙肝患者的就业保护
乙肝病毒携带者作为劳动者，依法享有与其他劳动者同等的就业权利。单位以乙肝为由解除劳动合同，构成对平等就业权的侵害。现行法律法规明确禁止以传染病病原携带者为由实施就业歧视，乙肝病毒携带者不属于法定禁止从业的特殊情形时，单位不得单方解除劳动关系。
三、违法解雇的后果
若单位无正当合法理由，仅以员工查出乙肝就将其辞退，将构成违法解除劳动合同。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条和第八十七条，员工有权要求单位继续履行劳动合同；若不要求继续履行或劳动合同已无法继续履行，单位需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。赔偿金的计算依据员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。
四、特殊情况下的合法性探讨
尽管一般情况下辞退乙肝患者不合法，但如果员工所患乙肝严重影响其正常工作，且无法通过合理调整工作岗位等方式解决，同时符合法律规定的用人单位解除劳动合同的情形（如劳动者不能胜任工作，经过培训或调整岗位仍不能胜任），单位在履行一定法定程序后辞退员工，可能是合法的。但即便如此，也需依法支付相应的经济补偿。不过，这种情况非常罕见，且单位需要承担严格的举证责任。
总结与建议：
单位不能以员工查出乙肝为由擅自辞退，这违反了相关法律法规对劳动者平等就业权的保护。员工在面临此类情况时，应通过劳动仲裁、诉讼等途径积极维护自身合法权益。同时，单位也应遵守法律规定，确保公平就业，避免不必要的法律风险和经济损失。如果您或您身边的人遇到了此类问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。