结论：主动作废的怀疑虚开的发票，是否会被认定为虚开，关键在于作废发票的动机、操作是否合规以及是否存在其他违法行为。若作废行为是基于真实合法的交易和合理的商业理由，且操作合规，则不会被认定为虚开；反之，若存在恶意勾结、利用作废发票虚增成本或抵扣税款等不规范或恶意行为，则有可能被认定为虚开，并受到相应的法律制裁。
一、合规作废发票的情况
定义与条件：
- 发票作废是指对填开发票信息录入错误的已开具发票进行作废处理。
- 正常的发票作废条件包括：在开具发票的当月内，因销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的；或开具时发现有误，可即时作废。
合规操作流程：
- 按照规定的流程进行作废操作，需在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理。
- 在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，并全联次留存。
实例说明：
- 如A公司在本月给B公司开具了一张发票，后发现发票上的购货方名称填写有误，在当月内收回发票联和抵扣联后进行作废处理，此属于正常发票管理操作，不被视为虚开。
二、可能被认定为虚开发票的情况
恶意勾结、利用作废发票虚增成本或抵扣税款：
- 若企业或个人存在恶意勾结，利用作废发票来虚增成本或抵扣税款，这种行为就超出了正常发票管理的范畴，有可能被认定为虚开发票。
- 例如，企业为了减少应纳税额，故意开具与实际交易不符的发票，并在后续尝试作废这些发票以掩盖其虚开行为，这种行为一旦被税务机关查实，将面临严重的法律后果。
虚开发票后试图通过作废逃避责任：
- 虚开发票后，即使尝试作废发票，也不能改变虚开行为的事实。
- 一旦被认定为虚开发票行为，仅仅通过作废发票是不能免除法律责任的。如果企业在没有收回原发票并加注“作废”字样的情况下，违规作废虚开的发票，可能会面临税务机关的严厉处罚。
三、法律后果
行政责任：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条规定，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。
刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》（2023修正）第二百零五条规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
- 对于虚开本法第二百零五条规定以外的其他发票，根据《中华人民共和国刑法》（2023修正）第二百零五条之一规定，情节严重的，也将受到二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金的处罚；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
四、建议与措施
严格遵守法律法规：
- 企业和个人在日常经营活动中应严格遵守国家的税收征管和发票管理规定，避免产生任何违法行为。
及时发现并报告：
- 如果发现虚开发票的情况，应立即向税务机关报告，并配合税务机关的调查和处理。
合法纠正与处理：
- 对于已经虚开的发票，不能简单地通过作废来纠正，而应采取合法的措施进行纠正和处理，如重新开具正确的发票、补缴税款等，以避免涉及更大的法律风险。
综上所述，主动作废的怀疑虚开的发票是否会被认定为虚开，取决于作废发票的动机、操作是否合规以及是否存在其他违法行为。因此，企业和个人在开具和作废发票时，应严格遵守相关法律法规，确保所有操作都是基于真实合法的交易和商业理由。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。