结论：在超市买到面条里面有虫子，超市同意赔偿1000元的情况下，是否需要签订协议取决于双方协商的结果和具体情况。从法律角度，为了保障双方权益，建议签订一份书面协议。

分析说明：

1. 协议的法律效力：

   • 签订书面协议可以明确双方的权利和义务，包括赔偿金额、赔偿方式、赔偿时间等关键条款。
   • 书面协议具有法律效力，一旦一方违约，另一方可以依据协议内容寻求法律救济。

2. 协议的内容建议：

   • 赔偿金额：明确超市同意赔偿的具体金额，即1000元。
   • 赔偿方式：说明赔偿是以现金、转账还是其他方式支付。
   • 赔偿时间：约定超市支付赔偿款的具体时间。
   • 违约责任：可以约定如果超市未按时支付赔偿款，应承担的违约责任，如支付违约金等。
   • 争议解决：可以约定如果双方在执行协议过程中发生争议，应如何解决，如通过协商、调解或诉讼等方式。

3. 不签订协议的风险：

   • 如果没有签订书面协议，仅凭口头约定，一旦超市反悔或未履行承诺，消费者可能难以提供有效证据来维护自己的权益。
   • 口头约定在法律上往往难以证明，消费者可能面临举证困难的问题。

4. 实际操作建议：

   • 在与超市协商赔偿时，消费者可以主动提出签订书面协议的要求，以保障自己的权益。
   • 如果超市同意签订协议，双方可以共同起草或参考相关模板来制定协议内容。
   • 在签订协议前，消费者应仔细阅读协议条款，确保自己的权益得到充分保障。

特殊场景：

• 如果超市信誉良好，且消费者对超市有充分的信任，双方也可以选择不签订书面协议，但这种情况下消费者应保留好相关证据，如购物小票、照片或视频等，以备不时之需。

行动建议：

• 签订协议：为了保障自己的权益，建议消费者在与超市协商赔偿时，主动提出签订书面协议的要求。
• 保留证据：无论是否签订协议，消费者都应保留好相关证据，以便在需要时提供证明。
• 法律咨询：如果消费者在签订协议或处理此类纠纷过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律意见和帮助。