结论：农村废弃公路批在个人宅基地内并占用，是否合法需视具体情况而定，不能一概而论。
一、合法情况分析
符合规划与审批程序：
- 如果废弃公路的规划调整或再利用，经过了合法的规划变更程序，并且得到了相关政府部门的批准，同时该调整并未侵犯宅基地使用权人的合法权益，那么这种占用可能是合法的。例如，政府因公共利益需要，依法对土地用途进行调整，并给予了合理的补偿。
历史遗留问题解决：
- 在某些情况下，废弃公路可能因历史原因而存在于宅基地范围内。如果这一问题在后续的土地确权或规划调整中得到了妥善解决，比如通过土地置换、补偿等方式，使得宅基地使用权人的权益得到了保障，那么这种占用也可以视为合法。
二、不合法情况分析
未经审批擅自占用：
- 如果废弃公路被擅自批在个人宅基地内，且未经相关政府部门的审批，那么这种占用显然是不合法的。宅基地使用权人可以依法维护自己的权益，要求停止侵权行为并恢复原状。
侵犯宅基地使用权：
- 即使废弃公路的占用经过了某种形式的“审批”，但如果这种审批侵犯了宅基地使用权人的合法权益，比如未给予合理的补偿或未经过宅基地使用权人的同意，那么这种占用也是不合法的。宅基地使用权人有权要求赔偿损失并恢复土地原状。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 如果您发现自己的宅基地被废弃公路非法占用，首先应当收集相关证据，如土地权属证明、占用现场照片等。
- 接着，您可以与占用方进行协商，要求其停止侵权行为并恢复原状或给予合理补偿。
- 如果协商无果，您可以向当地土地管理部门或相关政府部门投诉，请求其依法处理。
- 必要时，您还可以寻求法律途径，通过诉讼来维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 对于非法占用宅基地的行为，相关政府部门有权责令停止侵权行为、恢复原状，并可能处以罚款等行政处罚。
- 如果占用行为给宅基地使用权人造成了损失，占用方还应当承担赔偿责任。
- 在极端情况下，如果占用行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，占用方还可能面临刑事处罚。
总结：农村废弃公路批在个人宅基地内并占用是否合法，需根据具体情况来判断。如果您遇到此类问题，建议及时咨询并寻求专业法律帮助，以维护自己的合法权益。