企业在企业用地里建别墅卖给关系户，这一行为通常是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、土地用途限制

1. 工业用地或商业用地性质：企业用地通常为工业用地或商业用地，其用途受到土地出让合同和规划条件的严格限制。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，土地使用者必须按照土地出让合同约定的土地用途使用土地，未经批准，不得擅自改变土地用途。
2. 擅自改变用途的后果：如果企业在工业用地或商业用地上擅自建设别墅并出售，这明显违反了土地用途的限制。这种行为可能面临土地管理部门的处罚，包括责令限期改正、没收违法所得、罚款等，甚至可能被收回土地使用权。

二、规划与建设许可

1. 规划许可要求：建设别墅需要取得相应的建设工程规划许可证。根据《中华人民共和国城乡规划法》，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
2. 建设许可缺失：如果企业未取得建设工程规划许可证就擅自建设别墅，或者虽然取得了许可证但未按照许可证的规定进行建设，那么这种行为就是违法的。

三、销售行为合法性

1. 房地产销售资质：销售别墅需要具备相应的房地产销售资质。如果企业不具备这些资质，或者未按照相关规定进行销售活动，那么其销售行为就是违法的。
2. 关系户销售问题：即使企业具备销售资质，将别墅专门销售给关系户也可能涉及不公平交易或利益输送等问题。这种行为可能违反市场公平竞争的原则，甚至可能触犯反腐败等相关法律法规。

四、法律后果与风险

1. 行政处罚：如前所述，企业可能面临土地管理、城乡规划等部门的行政处罚，包括罚款、没收违法所得、责令限期改正或拆除等。
2. 民事责任：如果企业的行为给购房者或其他相关方造成了损失，那么企业还可能承担民事责任，包括赔偿损失等。
3. 刑事责任：在极端情况下，如果企业的行为构成了犯罪（如非法转让土地使用权罪、非法经营罪等），那么相关责任人还可能面临刑事责任。

建议与提醒：企业在处理土地和房产相关事务时，务必严格遵守相关法律法规和规划条件，确保所有行为的合法性和合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。