结论：若发现对方已实缴出资，原则上不能再以未实缴出资为由起诉，但若存在抽逃出资行为，仍可单独就抽逃出资提起诉讼。以下从法律逻辑和实务操作角度展开分析：

1. 未实缴出资与抽逃出资的独立性

• 未实缴出资：指股东未按章程约定履行出资义务（如未缴纳货币、未转移财产权等），核心是“未履行出资行为”。
• 抽逃出资：指股东已履行出资义务后，通过虚构交易、关联方往来、虚假减资等方式将出资抽回，核心是“出资后非法撤回”。
• 法律关系：两者是独立违法行为，实缴出资完成仅排除“未实缴”的诉由，但不影响对“抽逃”行为的追责。

2. 发现实缴后能否起诉抽逃出资？

• 可以起诉：若证据显示对方在实缴后存在抽逃行为（如银行流水显示资金转出至关联方、无合理商业目的的交易等），股东或公司可依据《公司法》第53条、第280条，以“抽逃出资”为由要求其返还出资并赔偿损失。
• 关键证据：需提供实缴证明（如验资报告、银行入账凭证）与抽逃证据（如资金流向、合同虚假性等），形成完整证据链。

3. 实务操作建议

• 步骤一：固定实缴证据（如工商档案中的验资记录、银行流水）。
• 步骤二：调查抽逃线索（如要求公司或对方提供财务账册、关联交易合同）。
• 步骤三：委托会计师事务所进行专项审计，确认资金异常流动。
• 步骤四：向法院提起股东损害公司利益责任纠纷之诉，或依据《公司法》第22条主张决议无效（如抽逃涉及违法减资）。

4. 风险提示

• 举证难度：抽逃出资的证明标准较高，需排除正常商业行为（如股东借款、分红等）。
• 时效限制：抽逃出资的诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起算。
• 连带责任：若协助抽逃的其他股东、董事或高管知情，可一并追责。

总结：实缴出资与抽逃出资是不同法律事实，发现实缴后仍可追究抽逃责任。建议立即收集证据并咨询律师制定诉讼策略，避免证据灭失或超过时效。如有进一步问题，可直接向我提问。