公司在本市内营业的合法性，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度为您详细分析的情况：

1. 一般经营活动的合法性

   • 如果公司仅在本市内进行常规的、不涉及特殊审批或许可的经营活动，且已按照相关法律法规完成了公司设立登记，取得了营业执照，那么公司在本市内营业是合法的。这种情况下，公司无需额外办理其他手续，即可在本市范围内开展业务。

2. 跨区经营的合法性

   • 若公司在本市内跨区设立固定经营场所，以分公司形式开展持续性经营活动，则需要办理分公司登记。根据《中华人民共和国公司登记管理条例》，公司应自决定作出之日起30日内向分公司所在地公司登记机关申请登记。若涉及特定行业审批，还需先获得相关部门批准后再申请登记。
   • 登记所需材料：包括公司法定代表人签署的设立分公司登记申请书、公司章程、加盖公司印章的《企业法人营业执照》复印件、营业场所使用证明、分公司负责人任职文件和身份证明等。
   • 特殊审批行业：如果公司跨区经营的业务属于需特定行业审批或许可的范围，如餐饮、医疗等，即使在本市内跨区，也需重新办理或变更相应的审批或许可手续。企业应提前了解新经营区域的相关审批要求和流程，确保在合规的前提下开展经营活动。

3. 偶尔性、短期经营活动的合法性

   • 若公司在本市跨区仅进行偶尔性、短期的经营活动，且不设立固定经营场所，如参加商品展销会、临时市场推广等，一般无需办理额外登记手续。但此时，公司仍需注意遵守当地的市场监管、税务等相关规定，确保经营活动的合法性。

法律建议：

• 公司在考虑本市内营业或跨区经营时，应事先了解并遵守相关法律法规及地方政策，确保经营活动的合法性。
• 如果公司计划在本市内跨区设立固定经营场所或开展涉及特殊审批行业的经营活动，建议提前咨询相关部门或专业律师，了解具体的登记和审批流程，以便及时办理相关手续。
• 公司应制定详细的经营计划，并考虑实际运营层面的挑战，如业务管理、资源协调、人员配置及各地法规政策的差异等，以确保经营活动的顺利进行。

可能法律后果：

• 如果公司未按照相关法律法规办理登记或审批手续，擅自在本市内跨区经营或开展涉及特殊审批行业的经营活动，可能会面临市场监管部门的处罚，包括罚款、责令停业整顿等。
• 在严重情况下，如果公司的违法行为构成犯罪，还可能依法追究刑事责任。

因此，公司在本市内营业的合法性取决于具体的经营情况和是否遵守相关法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。