针对您提出的“发了工资但个人所得税查不到是否合法”的问题，这并不直接等同于不合法，但确实可能存在一些需要关注和解决的问题。以下是对此问题的详细分析：
首先，我们要明确的是，工资发放后无法在个人所得税APP上查看到相关纳税信息，可能涉及多个方面的原因，这些原因并不一定都指向非法行为。具体来说，可能的原因包括：
申报时间与信息同步问题：
- 公司通常会在次月的1日至15日之间为员工申报上一个月的工资薪金所得个税。如果在这个时间段内查看，可能会因为申报尚未完成或数据同步延迟而看不到信息。
- 解决办法：等待申报完成及数据同步，一般可以等待1-3个工作日后再次查看。
公司未申报或未代扣代缴问题：
- 如果公司因疏忽或故意逃避义务，未按规定为员工申报或代扣代缴个人所得税，那么您在个税APP上自然看不到相关信息。
- 解决办法：与公司核实情况，若确认未申报或未代扣代缴，可要求公司及时补报或补缴。如公司拒绝，可向当地税务机关投诉举报。
数据录入错误问题：
- 公司在申报个税时，可能因财务人员操作失误，导致员工身份信息、收入数据等录入错误，从而影响您在个税APP上的查询。
- 解决办法：联系公司财务部门核实申报数据，如存在录入错误，公司需更正申报信息并重新提交正确数据至税务机关。
个人信息不匹配问题：
- 如果您在个税系统中使用的个人信息（如姓名、身份证号码）与公司申报时使用的不一致，也可能导致无法查看到缴税记录。
- 解决办法：核对并确保您在个税APP中输入的个人信息是准确无误的，与公司财务部门确认申报时使用的个人信息是否一致。
个税APP问题：
- 个税APP可能出现系统故障、版本过低等问题，影响您正常查看纳税信息。
- 解决办法：尝试重启APP，或卸载后重新安装最新版本。如问题依旧，可联系个税APP客服人员寻求帮助。
关于合法性：
- 如果公司确实未按规定为您申报或代扣代缴个人所得税，那么公司的行为是违法的。您有权要求公司补报或补缴，并向当地税务机关投诉举报。
- 如果问题出在申报时间、信息同步、数据录入错误、个人信息不匹配或个税APP本身的问题上，那么并不直接涉及非法行为，但需要通过相应途径解决问题。
建议：
- 首先保持冷静，按照上述步骤逐一排查并解决问题。
- 如果无法自行解决问题，建议直接联系当地税务局或咨询专业的财税服务机构，以获取进一步的帮助和解答。
总之，发了工资但个人所得税查不到并不一定意味着不合法，但确实需要关注和解决可能存在的问题，以确保自己的权益不受损害，并遵守国家税收法规。