企业查个人所得税是合法的，但前提是必须依法进行，且需遵循相关税收法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

一. 企业作为扣缴义务人的角色

1. 法律依据：根据《中华人民共和国个人所得税法》第九条，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。这意味着，企业在支付员工薪资或其他形式的所得时，有责任代扣代缴个人所得税。
2. 企业权利：作为企业（扣缴义务人），有权利也有义务对员工的个人所得税进行申报和缴纳。这包括对员工所得进行核算，以及按照税法规定向税务机关报送相关信息。

二. 企业查询个人所得税的合法性

1. 法律依据：根据《中华人民共和国税收征收管理法》第二十五条，扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴税款报告表。这意味着，企业在履行扣缴义务的过程中，有权且必须查询并核实员工的个人所得税情况。
2. 合法查询：企业在查询个人所得税时，必须遵循法律法规的规定，确保查询行为的合法性和正当性。例如，企业不能非法获取或泄露员工的个人信息，也不能滥用查询权力进行不正当的操作。

三. 企业查询个人所得税的安全性

1. 信息保护：企业在查询个人所得税时，应严格遵守相关法律法规关于个人信息保护的规定，确保员工信息的安全和保密。
2. 合规操作：企业应建立健全的内部管理制度和操作流程，确保查询行为的合规性和安全性。例如，可以设立专门的税务管理岗位，负责处理与税务相关的事务，包括个人所得税的查询和申报。

综上所述，企业查个人所得税是合法的，但必须在法律法规的框架内进行，并确保查询行为的安全性和合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。