两辆电瓶车相撞且被认定为工伤、双方同责的情况下，医药费的报销需结合工伤保险和交通事故赔偿两方面处理，具体如下：

1. 工伤保险报销部分
   根据《工伤保险条例》，职工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，应认定为工伤。若您已认定为工伤，医药费原则上由工伤保险基金支付，但需满足以下条件：

   • 医疗费用需符合工伤保险诊疗项目目录、药品目录和住院服务标准；
     
   • 需提供正规医疗机构出具的病历、发票、费用清单等材料；
     
   • 需通过单位或社保部门申请工伤医疗费用报销。
     注意：若您未缴纳工伤保险，费用可能由单位承担；若单位未缴纳，您可要求单位支付或通过劳动仲裁维权。

2. 交通事故赔偿部分
   因双方同责（通常指同等责任），根据《道路交通安全法》及《民法典》，您可向对方主张50%的民事赔偿，包括：

   • 医药费中超出工伤保险报销范围的部分（如自费药、进口器材等）；
     
   • 误工费、护理费、交通费等实际损失。
     操作建议：
     
   • 保留所有医疗票据、诊断证明、误工证明等证据；
     
   • 与对方协商赔偿，协商不成可向法院起诉；
     
   • 若对方有交强险（如电瓶车被认定为机动车），可优先由保险公司赔付。

3. 重复报销的禁止性规定
   若工伤保险已报销部分费用，您不得就同一费用再次向对方主张赔偿（即“损失填补原则”）。例如：

   • 工伤保险报销了1万元医药费，您只能就剩余未报销部分（如自费药2000元）向对方主张50%赔偿（即1000元）；
     
   • 若工伤保险未报销任何费用（如未认定工伤），则可全额向对方主张50%赔偿。

特殊情形提示：

• 若电瓶车被鉴定为机动车（如时速超25公里、重量超55公斤），且对方未投保交强险，您可要求对方在交强险限额内（医疗费1.8万元）先行赔偿，超出部分再按责任比例分担；
  
• 若您存在过错（如未戴头盔），可能影响责任比例划分，需以交警认定书为准。

行动建议：

1. 立即向单位报告工伤并申请认定，确保工伤保险报销流程启动；
   
2. 收集交通事故证据（如现场照片、交警认定书、对方信息），为民事赔偿做准备；
   
3. 若对责任认定或报销流程有疑问，可进一步向我咨询具体操作细节。