结论前置：在显失公平的协议案件中，原告起诉要求撤销时，法院通常不会依职权直接变更协议内容，而是会尊重当事人的选择，即当事人请求变更的，法院可以予以变更；当事人请求撤销的，法院可以酌情予以变更或撤销。但需注意，若协议已履行完毕且无新理由或特殊情况，法院可能驳回诉讼请求。
一、法院处理显失公平协议的基本原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定（原《中华人民共和国民法总则》第一百五十一条已纳入其中），显失公平的合同，指的是一方当事人利用优势或者对方没有经验，致使双方的权利与义务明显违反公平、等价有偿原则的情形。在此类情况下，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以变更或者撤销。这一规定明确了受损害方的权利救济途径，即可以选择变更或撤销合同。
二、法院对变更或撤销请求的处理方式
当事人请求变更：若当事人认为显失公平的合同可以通过变更来达到公平状态，其可以向法院提出变更请求。法院在审查后，认为合同确实存在显失公平情形，且变更后能够体现公平原则的，可以依法对合同内容进行变更。
当事人请求撤销：若当事人认为显失公平的合同无法通过变更来达到公平状态，或者其根本不愿意继续履行该合同，其可以向法院提出撤销请求。法院在审查后，认为合同确实存在显失公平情形，且撤销合同更符合公平原则的，可以依法撤销该合同。同时，法院在酌情考虑后，也可以对合同进行变更，以平衡双方当事人的利益。
三、法院依职权变更的例外情况与限制
虽然法院在处理显失公平的合同案件时，通常不会依职权直接变更合同内容，但在某些特殊情况下，法院可能会基于公平原则和案件实际情况，对合同进行一定程度的调整。然而，这种调整并非依职权主动进行，而是在当事人提出请求后，法院根据案件具体情况和公平原则作出的判断。
此外，若显失公平的合同已经履行完毕，且没有新的理由或特殊情况出现，法院可能会驳回受损害方要求变更或撤销合同的诉讼请求。因为在此情况下，合同已经履行完毕，双方当事人的权利义务已经终结，再对合同进行变更或撤销已无实际意义。
四、实际案例与法律建议
在实际案例中，如交通事故赔偿协议、保险理赔协议等，若存在显失公平的情形，受损害方应及时行使撤销权，并在法定期间内向法院提起诉讼。在诉讼过程中，受损害方应提供充分的证据证明协议存在显失公平的情形，如双方的地位差异、信息不对称、赔偿金额与实际损失严重不符等。同时，受损害方也应明确自己的诉讼请求，即要求变更合同还是撤销合同，以便法院能够根据具体情况作出恰当的判决。
五、注意事项
及时行使权利：受损害方应在知道或者应当知道撤销事由之日起一年内行使撤销权，否则可能面临权利失效的风险。
充分举证：在请求变更或撤销赔偿协议时，应提供充分的证据证明协议存在显失公平的情形。
明确诉讼请求：在提起诉讼时，应明确自己的诉讼请求是要求变更合同还是撤销合同，以便法院能够根据具体情况作出恰当的判决。
综上所述，在显失公平的协议案件中，原告起诉要求撤销时，法院通常不会依职权直接变更协议内容。但受损害方可以根据自身情况选择请求变更或撤销合同，并应在法定期间内及时行使权利、充分举证并明确诉讼请求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。