核心结论：女方16周岁与男方同居且育有2子，涉及未成年人的权益保护及法律责任问题，需从法律、社会、家庭三个层面综合处理。

1. 法律层面：未成年同居及生育的合法性分析

• 同居行为：根据《民法典》第1042条，禁止包办、买卖婚姻和其他干涉婚姻自由的行为，但未直接禁止“同居”。不过，16周岁女性属于限制民事行为能力人（《民法典》第19条），其与他人同居的行为可能因缺乏完全民事行为能力而面临法律风险，尤其是涉及财产、抚养等纠纷时，其权益可能难以保障。
• 生育行为：16周岁女性生育虽不直接违法，但若男方存在强迫、诱骗等行为，可能涉嫌《刑法》第236条强奸罪（与未满14周岁幼女发生性关系无条件构成犯罪，14-16周岁需结合具体情节）。此外，非婚生育子女享有与婚生子女同等权利（《民法典》第1071条），但父母需承担抚养义务。

2. 社会层面：未成年人保护与救助措施

• 政府干预：根据《未成年人保护法》第11条，任何组织或个人发现不利于未成年人身心健康或侵犯合法权益的情形，有权劝阻、制止或向公安、民政等部门报告。当地妇联、民政部门可介入，提供临时庇护、心理辅导等服务。
• 教育支持：女方作为未成年人，有权继续接受义务教育（《义务教育法》第4条）。相关部门应协调其返校就读，避免因生育中断学业。

3. 家庭层面：子女抚养与责任分担

• 抚养义务：父母对未成年子女负有抚养、教育和保护的义务（《民法典》第26条）。无论双方是否继续同居，均需共同承担子女生活费、教育费、医疗费等费用。若一方拒不履行，另一方可向法院起诉要求支付抚养费。
• 监护权争议：若双方分居或关系破裂，需协商确定子女监护权。协商不成时，可由法院根据子女权益和双方具体情况判决（《民法典》第1084条）。

4. 建议行动步骤

• 立即联系当地妇联或民政部门，说明情况并申请临时救助，确保女方及子女的基本生活需求。
• 咨询律师，评估男方是否存在违法行为（如强迫同居、性侵等），必要时向公安机关报案。
• 协商或起诉解决抚养问题，明确双方责任，避免子女权益受损。
• 协助女方返校就读，联系学校及教育部门，保障其受教育权。

总结：此情况需优先保障女方及子女的合法权益，通过法律、社会、家庭三方面协同解决。若需进一步帮助，可直接向我咨询具体法律程序及权益保护措施。