如果承包商合同中明确要求一次付清款项，而实际选择了分批支付，可能会涉及以下责任和后果：
违约责任：
- 合同条款的违反：合同是双方自愿达成的协议，具有法律约束力。如果合同中明确规定了付款方式为一次付清，而实际支付时选择了分批支付，这首先构成了对合同条款的违反。
- 违约责任的承担：根据合同法的相关规定，违约方需要承担违约责任。这可能包括支付违约金、赔偿损失等。具体责任形式和金额，需要根据合同中的具体约定以及实际损失情况来确定。
可能面临的法律纠纷：
- 承包商的索赔：如果因为分批支付导致承包商遭受了实际损失（如资金成本增加、工期延误等），承包商有权根据合同条款向发包方提出索赔。
- 法律诉讼的风险：如果双方无法就违约责任和赔偿问题达成一致，可能会引发法律诉讼。在诉讼过程中，法院将根据合同条款、实际损失情况以及相关法律法规来作出判决。
对合同关系的影响：
- 信任关系的破坏：分批支付可能破坏双方之间的信任关系，影响后续的合作。在商业合作中，信任是基础，一旦受损，可能难以恢复。
- 合同履行的障碍：如果因为分批支付导致合同履行出现障碍（如承包商拒绝继续履行合同、要求解除合同等），这将给发包方带来更大的损失和麻烦。
针对这种情况，我给出以下建议：
- 严格遵守合同条款：在签订合同时，应仔细阅读并理解合同条款，确保自己能够按照约定履行义务。如果合同中明确规定了付款方式为一次付清，应尽量避免选择分批支付。
- 及时沟通协商：如果因为特殊原因需要选择分批支付，应及时与承包商进行沟通协商，争取达成一致意见并修改合同条款。在沟通过程中，应保持诚实、透明的态度，避免给对方造成不必要的误解和损失。
- 寻求法律帮助：如果因为分批支付引发了法律纠纷或面临法律诉讼的风险，应及时寻求专业律师的帮助。律师将根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助你维护自己的合法权益。
最后，我想强调的是，在商业合作中，遵守合同条款和诚信原则是非常重要的。如果因为一时疏忽或特殊原因而违反了合同条款，应及时采取措施进行补救和协商解决，以避免引发更大的法律纠纷和损失。如果你有任何关于合同纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。