工程总承包合同协议书中的合同文件构成不包含招标文件，并不直接等同于不合法，但需根据具体情况和法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同文件构成的约定自由

在工程总承包合同中，合同文件的构成通常由双方当事人在合同协议书中明确约定。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同内容由当事人约定，一般包括当事人的名称或者姓名和住所、标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、地点和方式、违约责任、解决争议的方法等条款。因此，从合同自由的角度来看，双方有权自主约定合同文件的构成，包括是否包含招标文件。

2. 招标文件的法律地位

招标文件在招投标过程中具有重要地位，它详细规定了招标项目的需求、条件、评标标准等关键信息。然而，招标文件本身并不自动成为合同的一部分，除非双方在合同中明确约定将其纳入。如果合同协议书中未将招标文件列为合同文件的组成部分，那么招标文件通常不具有直接约束合同双方的法律效力。

3. 合法性判断的关键因素

• 是否违反法律法规的强制性规定：如果合同文件的构成约定违反了法律法规的强制性规定（如必须包含某些特定文件），则该约定可能无效。但在大多数情况下，招标文件是否包含在合同文件中并不属于此类强制性规定。
• 是否损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益：如果合同文件的构成约定损害了国家利益、社会公共利益或他人合法权益，那么该约定也可能被认定为无效。然而，在招标文件未纳入合同文件的情况下，通常不会直接引发此类问题。
• 是否遵循了公平、自愿、诚实信用的原则：合同文件的构成约定应当遵循公平、自愿、诚实信用的原则。如果双方在平等、自愿的基础上达成了不包含招标文件的约定，并且该约定没有违反其他法律法规或损害他人利益，那么该约定通常是合法的。

4. 实践中的建议

• 明确约定合同文件构成：为了避免争议和误解，建议在工程总承包合同协议书中明确约定合同文件的构成，包括是否包含招标文件以及招标文件在合同中的地位和作用。
• 注意招标文件的保存和参考：即使招标文件未被纳入合同文件，双方仍应妥善保存招标文件，并在合同履行过程中参考其内容，以确保合同目的的实现。
• 遵循行业惯例和最佳实践：在约定合同文件构成时，可以参考行业惯例和最佳实践，以确保合同的合理性和可操作性。

总结来看，工程总承包合同协议书中的合同文件构成不包含招标文件，并不直接等同于不合法。关键在于该约定是否违反了法律法规的强制性规定、是否损害了国家利益、社会公共利益或他人合法权益，以及是否遵循了公平、自愿、诚实信用的原则。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。