行政协议一般不能约定仲裁解决纠纷，相关纠纷应通过行政复议、行政诉讼等法定行政救济途径解决。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
《中华人民共和国仲裁法》的适用范围：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》，仲裁适用于平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷。然而，该法明确排除了依法应当由行政机关处理的行政争议，因此行政协议纠纷不属于仲裁受理范围。
行政协议的法律性质：
- 行政协议是行政机关为实现行政管理或公共服务目标，与公民、法人或其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。其本质特征在于行政性和公法性，即行政机关在协议中行使行政管理职权并履行公共服务职责，这与平等主体间的民事合同存在显著区别。
二、行政协议纠纷的特殊性
主体不平等：
- 行政协议的双方当事人中，必有一方是行政机关，双方在地位上并不完全平等。这种不平等性使得仲裁机构难以在双方之间保持中立和公正。
涉及公共利益：
- 行政协议往往涉及到公共资源的配置、公共服务的提供等公共利益问题。这些问题的解决需要考虑到社会整体利益，而不仅仅是双方当事人的私人利益。仲裁机构在处理此类问题时，可能无法充分考虑到公共利益的因素。
需要公权力介入：
- 行政协议纠纷的解决往往需要公权力的介入，如行政复议、行政诉讼等。这些程序能够确保纠纷得到公正、合法的处理，并维护公共利益的实现。
三、实际处理方式
对于行政协议纠纷，当事人通常可以通过以下途径解决：
协商：
- 双方当事人可以尝试通过友好协商解决纠纷。这种方式灵活、高效，但前提是双方都有解决问题的意愿和能力。
行政复议：
- 如果协商无果，当事人可以向上一级行政机关或者有关机关申请行政复议。行政复议机关会对原行政行为的合法性和适当性进行审查，并作出复议决定。
行政诉讼：
- 当事人也可以直接向人民法院提起行政诉讼，请求法院对行政协议的合法性进行审查，并作出判决。行政诉讼是解决行政协议纠纷的主要途径之一。
四、特殊情况下的处理
尽管一般情况下行政协议不能约定仲裁条款，但在某些特殊情况下可能存在例外。例如：
- 如果法律、法规明确规定行政协议可以约定仲裁条款，并且符合法定程序，那么双方可以在协商一致的基础上约定仲裁条款。然而，这种情况较为罕见，且必须有明确的法律依据和程序保障。
- 对于特定历史时期订立的类似行政协议案件，由于当时法律法规并未明确行政协议的法律适用问题，当事人可能通过民事诉讼或商事仲裁的渠道解决纠纷。如果协议中明确约定了仲裁条款，并且符合《仲裁法》的相关规定，那么在某些情况下该仲裁条款可能被视为有效。但这一特殊处理方式并不适用于之后订立的行政协议。
五、总结与建议
综上所述，行政协议一般不能约定仲裁条款，除非有法律、行政法规或者我国缔结、参加的国际条约另有规定。在签订行政协议时，双方应明确争议解决方式，并严格遵守相关法律法规的规定。如果遇到特殊情况需要约定仲裁条款，务必确保有明确的法律依据和程序保障，以避免因违反法律规定而导致条款无效。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。