农民工在工地做工，工资被扣费的情况可能涉及多种原因，以下是一些常见的情况及解释：

1. 代扣代缴社会保险和住房公积金：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》和《住房公积金管理条例》，用人单位有义务为员工缴纳社会保险（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险）和住房公积金。如果工地项目方或用人单位从您的工资中扣除了这部分费用，并为您缴纳了相应的社会保险和住房公积金，那么这种扣费是合法的。
   • 建议：您可以要求用人单位提供社会保险和住房公积金的缴纳证明，以确认这部分费用是否被正确缴纳。

2. 个人所得税的代扣代缴：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》，个人所得（包括工资、薪金所得）需要缴纳个人所得税。用人单位作为扣缴义务人，有义务从您的工资中代扣代缴个人所得税。
   • 计算公式：应纳税所得额 = 工资收入 - 免征额（目前为5000元/月） - 专项扣除（如社会保险、住房公积金等） - 专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗等） - 其他依法确定的扣除项目；应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
   • 建议：您可以了解个人所得税的计算方法，并要求用人单位提供个人所得税的缴纳证明，以确认这部分费用是否被正确计算和缴纳。

3. 违反规章制度或造成损失的赔偿：

   • 如果您在工作中违反了用人单位的规章制度，或者因您的过失给用人单位造成了损失，用人单位可能根据规章制度或劳动合同的约定，从您的工资中扣除相应的赔偿费用。
   • 建议：您应仔细阅读劳动合同和用人单位的规章制度，了解其中关于赔偿的条款。如果认为扣费不合理，可以与用人单位协商或寻求法律援助。

4. 非法扣费或恶意拖欠：

   • 如果用人单位没有合法依据，如未经您同意擅自扣费，或者以各种理由恶意拖欠工资，那么这种行为是违法的。
   • 建议：您可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，您需要提供相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等。

针对您的情况，我建议您采取以下步骤：

• 核实扣费原因：首先，与用人单位沟通，了解扣费的具体原因和依据。
• 要求提供证明：要求用人单位提供扣费的相关证明，如社会保险和住房公积金的缴纳证明、个人所得税的缴纳证明等。
• 协商或投诉：如果认为扣费不合理或存在违法行为，可以与用人单位协商解决；如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

最后，我想强调的是，作为劳动者，您有权了解自己的工资构成和扣费情况，并有权维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。