结论前置：贷款还清且机动车登记证书（大本）在手，但车主死亡的情况下，他人不能直接办理车辆过户等手续，需先完成继承程序，明确车辆归属后，再由继承人办理相关手续。以下是具体分析：

1. 车辆所有权与继承关系
   根据《民法典》继承编，车辆作为公民的合法财产，在车主死亡后属于遗产范畴。即使贷款已还清、机动车登记证书在手，车辆的所有权仍需通过继承程序转移。他人（非继承人）无权直接办理过户或处置车辆，否则可能构成侵权。

2. 继承程序的关键步骤

   • 确定继承人：若车主留有遗嘱，按遗嘱指定继承人；若无遗嘱，按法定继承顺序（配偶、子女、父母为第一顺序）确定继承人。
     
   • 办理继承公证：继承人需携带死亡证明、亲属关系证明、机动车登记证书等材料，到公证处办理继承权公证，明确车辆归属。
     
   • 过户手续：继承人凭公证书、身份证、机动车登记证书等材料，到车管所办理车辆过户，将车辆登记至自己名下。

3. 特殊情况处理

   • 多名继承人：若存在多名继承人，需协商一致或通过法院分割遗产后，由取得车辆所有权的继承人办理过户。
     
   • 放弃继承：部分继承人可书面放弃继承权，但需办理公证手续，否则仍可能被视为共同继承人。
     
   • 债务纠纷：若车主生前有未清偿债务，车辆可能被纳入遗产清偿范围，继承人需在继承范围内承担债务后，方可办理过户。

4. 风险提示
   若他人未经继承程序擅自处置车辆（如出售、抵押），可能面临以下法律后果：

   • 民事责任：其他继承人可要求返还车辆或赔偿损失；
     
   • 行政处罚：车管所可能拒绝办理非法过户手续；
     
   • 刑事责任：情节严重者（如伪造继承文件），可能涉嫌诈骗或侵占罪。

建议：若您是继承人或相关方，应优先通过继承程序明确车辆归属，再依法办理过户。如有复杂情况（如继承纠纷、债务问题），可进一步向我咨询具体解决方案。