结论：签三个月租车合同是否扣三个月违约金，不能一概而论，需根据合同具体条款、违约情形及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同条款的约定

• 核心依据：根据《民法典》第五百八十五条，违约金的数额或计算方法由合同双方约定。若合同中明确写明“租期三个月，提前解约需支付三个月租金作为违约金”，则该条款具有法律效力，违约方需按约履行。
• 例外情形：若合同未约定违约金，或约定不明确（如仅写“违约需赔偿损失”），则需根据实际损失计算违约金，而非直接扣除三个月租金。

2. 违约金的合理性审查

• 法律限制：根据《民法典》及相关司法解释，违约金过高或过低的，法院或仲裁机构可依申请调整。若三个月租金作为违约金明显超过出租方实际损失（如车辆闲置费、再出租成本等），违约方可主张降低违约金。
• 举证责任：违约方需提供证据证明违约金过高（如市场租金水平、车辆再出租时间等），出租方则需证明其实际损失接近违约金数额。

3. 违约情形的分类

• 承租方违约：如提前退租、未支付租金等，需按合同约定或实际损失支付违约金。若合同无约定，出租方只能主张实际损失（如车辆折旧、维修费等）。
• 出租方违约：如未提供符合约定的车辆、提前收回车辆等，承租方可要求出租方支付违约金或赔偿损失，标准同上。

4. 实践中的操作建议

• 审查合同：签订前仔细阅读违约金条款，避免“一刀切”的高额约定。
• 协商解决：发生争议时，优先与对方协商调整违约金数额，减少诉讼成本。
• 法律途径：若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁，由专业机构裁决违约金是否合理。

5. 示例说明

• 案例1：合同约定“提前退租需支付三个月租金作为违约金”，承租方租用1个月后退租，出租方主张扣除三个月租金。若法院认定出租方实际损失仅为1个月租金（如车辆很快再出租），则可能调整违约金为1个月租金。
• 案例2：合同未约定违约金，承租方租用2个月后退租，出租方主张赔偿损失（如车辆维修费、闲置费等）。此时需根据出租方提供的证据确定赔偿金额。

总结：三个月租车合同是否扣三个月违约金，需结合合同条款、违约情形及法律规定综合判断。建议您在签订合同时明确违约金条款，发生争议时及时咨询专业律师，通过合法途径维护权益。如有具体合同或纠纷，可直接向我咨询，我将为您提供详细分析。