结论前置：村委会能否收回村民在耕地上建厂房所占用的土地，需分情况讨论，具体如下：

1. 若建厂房行为未经合法审批，属于违法用地
   根据《土地管理法》第四条、第四十四条，国家实行土地用途管制制度，耕地属于农用地，未经批准不得擅自转为建设用地。若村民未办理农用地转用审批手续、未取得乡村建设规划许可证，在耕地上建厂房属于违法行为。
   此时，村委会作为集体土地所有权代表，有权依据《土地管理法》第七十七条、第七十八条，向县级以上人民政府自然资源主管部门举报，由政府责令退还非法占用的土地，限期拆除违法建筑。若村民拒不执行，村委会可配合政府通过法律程序收回土地。

2. 若建厂房行为已通过合法审批，但违反合同约定
   若村民与村委会签订了土地承包合同，明确约定土地用途为农业种植，但村民擅自改变用途建厂房，则构成违约。
   根据《民法典》第五百七十七条，村委会可要求村民承担违约责任（如赔偿损失、恢复原状），若合同中明确约定“擅自改变用途时村委会有权收回土地”，则村委会可依据合同条款收回土地。

3. 若建厂房行为符合政策但程序存在瑕疵
   极少数情况下，若村民建厂房符合当地产业政策（如乡村振兴项目），但未严格履行审批手续，此时村委会不宜直接收回土地，而应督促村民补办手续。若村民拒不补办，村委会可依据内部管理规定或合同约定处理。

关键提醒：

• 村委会无权直接“收回”土地，必须通过政府行政程序（如责令退还、拆除）或司法程序（如诉讼）实现；
  
• 村民若对收回决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

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