刑事案件管辖异议提出的最晚时间，需根据诉讼阶段的不同来确定。以下是对这一问题的详细解答：

一、审查起诉阶段

在案件移送审查起诉后，人民检察院提起公诉前，犯罪嫌疑人及其辩护人可以向办理案件的人民检察院提出管辖权异议。人民检察院会在受理异议后的五日以内作出决定。这一阶段是管辖权异议提出的早期阶段，对于确保案件由有管辖权的机关处理具有重要意义。若在此阶段未提出异议，则可能错过该阶段提出异议的时机。

二、审判阶段

1. 庭前准备阶段：

   • 被告人在收到起诉书副本后的特定时间内，即提交答辩状期间内（根据我国《刑事诉讼法》的规定，一般为收到起诉书副本之日起10日内），可以提出管辖权异议。这是对第一审刑事案件管辖权异议提出的主要时间节点。
   • 如果案件召开了庭前会议，被告人及其辩护人也可以在庭前会议阶段提出管辖权异议，并应当说明理由。人民法院经审查认为异议成立的，将依法处理，包括退回人民检察院或移送有管辖权的人民法院。若在此阶段未提出异议，则可能需等待庭审阶段提出。

2. 庭审阶段：

   • 在庭审过程中，当事人及其辩护人、诉讼代理人仍然有权提出管辖权异议。但需要注意的是，庭审阶段提出异议可能会影响案件的审理进程，因为若异议成立，案件可能需要被移送至有管辖权的法院审理，从而导致庭审的中断或延期。

三、特殊情形

• 对于反诉案件的管辖权问题，如果被告人认为受诉法院同时违反级别管辖和地域管辖规定，应当在提起反诉的同时提出管辖权异议；如果只是违反地域管辖，则应当在反诉案件答辩期间内提出管辖权异议。
• 第二审刑事案件中，当事人一般不得以法院无管辖权为由提出管辖权异议，因为二审法院对一审法院的管辖具有上级监督关系。但如果二审法院发现一审法院确实无管辖权而审理了案件，应裁定撤销原裁判并将案件移送有管辖权的人民法院审理。在此阶段，若一审未提出异议，二审提出异议的可能性会受到限制。

法律建议

• 及时关注诉讼进程：当事人及其辩护人、诉讼代理人应密切关注案件的诉讼进程，确保在法定时间内提出管辖权异议。
• 准备充分理由：在提出管辖权异议时，应准备充分的理由和证据，以支持异议的成立。
• 咨询专业律师：如有任何疑问或需要进一步了解相关法律规定，建议直接向我咨询，以获取准确的法律意见和帮助。

概括起来，刑事案件管辖异议提出的最晚时间因诉讼阶段的不同而有所差异。在审查起诉阶段，应在案件移送审查起诉后、人民检察院提起公诉前提出；在审判阶段，应在庭前准备阶段或庭审阶段提出，但需注意庭审阶段提出异议可能带来的影响。在特殊情形下，如反诉案件或第二审刑事案件，也需根据具体情况提出管辖权异议。