核心结论：跟投员工离职后投资额低于100万元的处理方式需结合跟投协议约定、公司制度及法律规定综合判断，具体可分为以下几种情形：

1. 协议有明确约定：按协议条款处理

• 核心前提：若员工跟投时签署的协议中已明确约定“离职后投资额处理规则”（如强制退出、折价转让、保留份额等），则优先按协议执行。
• 操作建议：
  • 强制退出：协议约定离职后需全额或部分退出投资的，公司可要求员工按约定价格（如原价、评估价或折价）转让份额；
  • 保留份额：协议允许离职员工保留份额的，需明确后续权益（如分红权、表决权是否受限）；
  • 回购条款：若协议约定公司或指定方有回购义务，需按约定价格和时间履行。
• 风险提示：协议条款需符合《民法典》合同效力规则，不得存在显失公平、恶意规避法律等情形，否则可能被认定无效。

2. 协议无约定或约定模糊：协商或参照公司制度

• 核心前提：若协议未明确处理方式，需结合公司内部跟投制度或行业惯例协商解决。
• 操作建议：
  • 协商变更：公司与员工可协商调整投资额（如部分退出、分期退出），并签订补充协议；
  • 参照制度：若公司有统一跟投管理制度，可按制度中“离职处理”条款执行（需确保制度已向员工公示并经民主程序制定）；
  • 折价处理：无制度依据时，可参考市场价值或评估结果确定转让价格，避免显失公平。
• 法律依据：根据《民法典》第143条，民事法律行为需具备“意思表示真实”要件，协商结果需双方自愿。

3. 涉及员工权益保护：需符合劳动法规定

• 核心前提：若跟投与劳动关系紧密相关（如作为股权激励），需兼顾《劳动法》《劳动合同法》对员工权益的保护。
• 操作建议：
  • 禁止非法扣减：公司不得以“投资额不足”为由克扣工资、奖金或经济补偿；
  • 公平对待：处理方式需一视同仁，避免针对特定员工设置不合理条件；
  • 程序合法：强制退出或调整需履行通知义务，保留书面证据。
• 风险提示：若处理方式被认定为“变相克扣劳动报酬”或“侵犯财产权”，员工可能通过劳动仲裁或诉讼主张权益。

4. 特殊情形：涉及非法集资或违规操作

• 核心前提：若跟投行为涉嫌非法集资（如未履行备案手续、承诺固定收益），可能面临行政处罚或刑事风险。
• 操作建议：
  • 立即整改：停止违规操作，补办备案或登记手续；
  • 退还资金：对已收取的投资款，需按监管要求退还员工；
  • 配合调查：主动向金融监管部门说明情况，避免扩大风险。
• 法律依据：根据《防范和处置非法集资条例》，未经许可吸收资金可能被认定为非法集资，需承担行政责任或刑事责任。

总结建议：

1. 优先审查跟投协议及公司制度，明确处理依据；
   
2. 协商时保留书面记录，避免口头约定；
   
3. 处理方式需兼顾合法性与合理性，防止引发劳动纠纷；
   
4. 若涉及违规操作，建议立即咨询律师评估风险。
   

如有具体协议条款或公司制度需分析，可直接提供细节，我将进一步为您梳理法律风险及应对方案。