在刑事诉讼中，书记员的回避并非直接由法院院长决定，而是根据具体情况有所不同。以下是对这一问题的详细解释：
一、书记员回避的决定主体
法院系统：
- 在刑事案件的审判阶段，书记员作为审判活动的辅助人员，其回避问题通常遵循审判人员回避的有关规定。然而，书记员的回避并非直接由法院院长决定，而是由审判长根据庭审过程中的具体情况来决定是否准许回避。这一规定确保了审判长在庭审过程中的主导权和对庭审环境的即时把控能力。
- 但在某些特定情况下，如书记员的回避问题涉及法院内部管理或需要更高层级的决策时，可能会由法院院长或相关审判委员会进行审议和决定。不过，这种情况相对较少，且通常会有明确的法律规定或法院内部规定作为依据。
检察院系统：
- 若刑事案件处于检察阶段，书记员的回避问题则由检察长决定。这是因为检察院系统有其独立的组织结构和决策机制，与法院系统有所不同。
二、书记员回避的法律依据
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第三十二条的规定，本章关于回避的规定适用于书记员。这意味着书记员在刑事诉讼中同样需要遵守回避制度，以确保诉讼的公正性和效率。
- 同时，该法条也明确了辩护人、诉讼代理人可以依照本章的规定要求回避、申请复议，同理，当事人及其法定代理人如认为书记员存在应回避的情形，也有权向相关机关提出回避申请。
三、书记员回避的申请与决定流程
主动申请：
- 书记员如认为自己与案件存在利害关系或其他可能影响案件公正处理的关系，应主动向所在机关提出回避申请。
当事人及其法定代理人申请：
- 当事人及其法定代理人如认为书记员存在应回避的情形，也有权向相关机关提出回避申请。回避申请可以口头或书面形式提出，并需说明具体的回避理由。
决定流程：
- 回避决定应当在申请提出后及时作出，以确保案件的公正、高效进行。
- 决定机关应对回避申请进行审查，并根据实际情况作出是否准许回避的决定。在法院系统中，这一决定通常由审判长作出；在检察院系统中，则由检察长作出。
四、特殊情况处理
- 鉴于刑事侦查工作的紧迫性和特殊性，为防止延误侦查工作，规定在侦查人员的回避决定作出前，侦查人员不能停止对案件的侦查。这一特殊规定同样适用于检察阶段可能涉及的书记员回避情况。即，在检察长对书记员的回避作出决定前，书记员通常也不能停止对案件的辅助工作，以确保侦查或检察工作的连续性和完整性。
总结来说，在刑事诉讼中，书记员的回避问题并非直接由法院院长决定，而是根据具体情况有所不同。在法院系统中，通常由审判长根据庭审过程中的具体情况来决定是否准许回避；在检察院系统中，则由检察长决定。这一制度旨在确保诉讼的公正性和效率，防止因利害关系影响案件公正处理。如果您对书记员回避问题或其他刑事诉讼相关问题有进一步疑问，欢迎直接向我咨询。