结论：公司以项目章为农民工资提供担保，在法律上可能存在效力瑕疵，不建议单独使用项目章进行担保。以下从不同角度详细分析：

1. 项目章的法律效力

• 项目章的性质：项目章通常是公司为特定项目刻制的专用章，主要用于项目相关文件的签署，其效力范围通常限于项目内部事务。
• 与公章的区别：公章是公司的法定代表章，具有最高的法律效力，代表公司的整体意志。而项目章的效力通常限于项目范围内，超出范围使用可能被认定为无效。
• 法律风险：如果公司以项目章对外提供担保，可能因项目章的效力范围受限而被认定为担保无效，尤其是当担保事项超出项目范围时。

2. 担保的合法性要求

• 担保形式：根据《民法典》相关规定，担保需以书面形式订立，且担保人需具有相应的民事行为能力。
• 公司担保：公司为他人提供担保，需符合公司章程的规定，并可能需经过董事会或股东会决议。未经合法程序，担保可能被认定为无效。
• 项目章担保的瑕疵：即使公司内部同意以项目章提供担保，但因项目章的效力范围有限，可能无法满足担保的合法性要求，导致担保无效。

3. 农民工资的特殊性

• 优先受偿权：根据《保障农民工工资支付条例》，农民工工资具有优先受偿权，公司应优先保障农民工工资的支付。
• 担保的必要性：如果公司通过担保方式确保农民工工资的支付，需确保担保的合法性和有效性，否则可能无法达到保障目的。
• 建议：为确保担保的有效性，建议使用公司公章或法定代表人签字，并确保担保程序符合公司章程和法律规定。

4. 实务建议

• 使用公章：为避免法律风险，建议公司使用公章为农民工资提供担保，并确保担保程序合法。
• 完善手续：如果必须使用项目章，建议在公司内部明确项目章的授权范围，并在担保合同中注明项目章的授权情况，尽量降低法律风险。
• 法律审查：在签署担保合同前，建议进行法律审查，确保担保的合法性和有效性。

总结：公司以项目章为农民工资提供担保存在法律风险，建议使用公章或完善相关手续以确保担保的有效性。如果有进一步的法律问题，可以直接向我咨询。