跟交通肇事者协商好的情况，对工伤劳动能力鉴定一般没有影响。以下从不同角度为您详细分析：

法律关系独立性角度

工伤劳动能力鉴定是基于劳动者与用人单位之间的劳动关系，以及劳动者在工作过程中因工作原因受到事故伤害或患职业病这一事实而进行的。它主要依据的是《工伤保险条例》等相关法律法规，目的是确定劳动者因工伤导致的劳动功能障碍程度和生活自理障碍程度，从而为工伤赔偿提供依据。

而与交通肇事者的协商，是基于侵权法律关系。当劳动者在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害时，虽然可能同时构成工伤和交通事故侵权，但这两个法律关系是相互独立的。交通肇事者的赔偿义务是基于其侵权行为，而工伤赔偿则是基于劳动者与用人单位之间的劳动关系和工伤事实。因此，与交通肇事者的协商结果，通常不会影响工伤劳动能力鉴定的进行和结果。

实际操作角度

在实际操作中，工伤劳动能力鉴定是由专门的劳动能力鉴定委员会进行的，该委员会由社会保险行政部门、卫生行政部门、工会组织、经办机构代表以及用人单位代表组成，具有独立性和专业性。其鉴定过程严格遵循相关法律法规和鉴定标准，不受外部因素（如与交通肇事者的协商结果）的干扰。

特殊情况考虑

虽然一般情况下与交通肇事者的协商不会影响工伤劳动能力鉴定，但也存在一些特殊情况需要关注。例如，如果劳动者在与交通肇事者协商过程中，接受了对方提出的某些不合理条件（如放弃部分赔偿权利），而这些条件可能间接影响到工伤赔偿的总额或分配方式，那么劳动者在后续的工伤赔偿过程中可能会面临一些纠纷。然而，这种情况并不直接影响工伤劳动能力鉴定的结果，而是可能影响到工伤赔偿的数额或分配。

建议

1. 保持法律关系清晰：劳动者在处理工伤和交通事故侵权问题时，应明确区分两个法律关系，避免混淆或相互干扰。
2. 及时进行工伤认定和劳动能力鉴定：一旦发生工伤事故，劳动者应及时向用人单位报告，并按照规定程序进行工伤认定和劳动能力鉴定，以确保自己的合法权益得到保障。
3. 谨慎协商：在与交通肇事者协商赔偿时，劳动者应谨慎对待，避免接受不合理条件或放弃应得权益。如有需要，可以寻求专业律师的帮助。

如果有任何关于劳动纠纷或交通事故方面的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。