农业行政处罚结束后，在以下情况下线索需要移送：

1. 发现违法行为涉嫌犯罪的
   根据《行政处罚法》第二十七条及《农业行政处罚程序规定》等相关规定，若在农业行政处罚过程中发现违法行为可能构成犯罪（如生产、销售伪劣农药、兽药、种子等行为触犯刑法），行政机关应当及时将案件线索移送司法机关（如公安机关），并附相关证据材料。这是“行刑衔接”的核心要求，旨在防止以罚代刑，确保刑事犯罪依法受到追究。

2. 涉及其他行政机关管辖的违法行为
   若违法行为同时违反其他领域的行政法规（如环保、市场监管、自然资源等），且该领域有明确管辖权的行政机关，农业行政机关应将线索移送至有管辖权的部门。例如，农业执法中发现企业非法排污，需移送生态环境部门；发现无证经营农资，可能需移送市场监管部门。

3. 跨区域违法线索需协同查处
   对于跨行政区域的农业违法行为（如跨省销售假种子），若发现违法行为发生地或结果地涉及其他地区，农业行政机关应将线索移送至有管辖权的同级机关，或通过上级部门协调联合查处，以避免管辖权冲突或查处盲区。

4. 上级机关指定管辖或交办线索
   若上级农业行政机关基于案件性质、影响范围等因素，指定其他机关管辖或要求移送线索，下级机关应遵照执行。例如，重大农业污染事件可能由省级部门指定市级部门牵头查处。

5. 当事人申请复议或诉讼中需补充证据
   在行政处罚的复议或诉讼阶段，若发现原处罚依据不足或需进一步调查，且涉及其他机关管辖的线索，农业行政机关可能需将线索移送至相关机关协助调查，或由复议机关、法院直接要求移送。

注意事项：

• 移送线索时应制作书面移送函，明确案件基本情况、移送理由及证据材料，并留存移送凭证。
  
• 接收机关应在法定期限内反馈是否受理，逾期未反馈的，移送机关可报请共同上级机关协调处理。
  
• 移送线索不免除原行政机关的法定职责，若接收机关不予立案，原机关仍需依法处理。
  

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