公司非法占用林地，行政责任主要由公司承担，具体处理涉及林业主管部门和自然资源部门的协同工作。以下是对此问题的详细分析：

1. 行政责任主体：

   • 公司作为非法占用林地的行为主体，依法应当承担行政责任。行政责任的形式包括但不限于责令停止违法行为、限期恢复植被和林业生产条件、罚款等。

2. 林业主管部门的职责：

   • 根据《中华人民共和国森林法》及其实施条例，县级以上人民政府林业主管部门负责本行政区域的林业管理与监督工作。
   • 林业主管部门有权对非法占用林地、改变被占用林地用途以及在非法占用的林地上进行非林业生产、建设等行为进行查处。
   • 林业主管部门可以责令公司停止违法行为、限期恢复原状，并可并处罚款；若行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。

3. 自然资源部门的角色：

   • 自然资源部门负责土地资源的统一管理和监督。
   • 当非法占用林地的行为涉及土地利用总体规划、土地审批等事项违法时，自然资源部门可以依据《中华人民共和国土地管理法》等法律法规介入处理。
   • 自然资源部门可以对公司作出处罚决定，如责令退还非法占用的土地，拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施等。
   • 特别地，对于虽经林业主管部门审核同意但未办理建设用地审批手续擅自占用林地的行为，自然资源主管部门将依照《土地管理法》进行处罚。

4. 行政处罚的具体措施：

   • 责令停止与恢复：林业主管部门或自然资源主管部门有权责令公司立即停止非法占用林地的行为，并限期恢复植被和林业生产条件。
   • 罚款处罚：根据违法行为的严重程度和后果，公司可能面临高额罚款，包括毁坏林木价值的倍数罚款和恢复植被所需费用的倍数罚款等。例如，根据《中华人民共和国森林法》第七十三条，未经审核同意擅自改变林地用途的，可以处恢复植被和林业生产条件所需费用三倍以下的罚款。
   • 代为补种及费用支付：若公司拒不履行补种义务或补种不符合标准，相关部门将组织代为补种，并由公司承担全部费用。

5. 涉嫌犯罪的处理流程：

   • 如果非法占用林地的行为涉嫌犯罪，如构成非法占用农用地罪，林业主管部门或自然资源部门会将案件移交给公安机关。
   • 公安机关将展开立案侦查，收集证据，确定犯罪嫌疑人。
   • 检察机关随后会提起公诉，指控犯罪嫌疑人的罪行。
   • 法院最终进行审判，根据事实和法律对犯罪嫌疑人定罪量刑。

总结与建议： 公司非法占用林地是严重的违法行为，不仅可能面临行政处罚，还可能构成犯罪，承担刑事责任。因此，公司应严格遵守相关法律法规，保护林地资源，维护生态平衡。若公司已涉嫌非法占用林地，建议立即停止违法行为，积极配合相关部门的调查处理，并寻求专业法律帮助，以减轻或避免可能的法律后果。如有任何法律问题，可直接向我咨询。