结论前置：在有两个债权人的情况下，一个是基于工资协议的还款在前，另一个是基于法院判决的工资还款在后，应先偿还哪一个，并不能简单地根据还款协议或判决的先后顺序来决定，而是需要依据法律规定的清偿顺序以及是否存在优先受偿权等因素来判断。
分析如下：
法律规定的清偿顺序：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，当债务人的财产不足以清偿全部债务时，需要按照法律规定的顺序进行清偿。一般来说，优先清偿的债务包括职工工资、社会保险费用等。但在此问题中，两个债权人均涉及工资，因此需要进一步分析。
是否存在优先受偿权：
- 优先受偿权是指特定债权人就债务人的特定财产享有优先于其他债权人受偿的权利。在工资债权中，如果某个债权人的工资债权被法院确认为具有优先受偿权（例如，因债务人破产而按照破产法规定的清偿顺序），则该债权人应优先受偿。
- 如果两个债权人的工资债权均未被确认为具有优先受偿权，或者均被确认为具有同等优先受偿权，则应按照债权比例进行清偿。
协议与判决的效力：
- 工资协议是双方自愿达成的，具有合同效力。但合同效力并不等同于优先受偿权。即使某个债权人的工资协议签订在前，也不意味着其就必然享有优先受偿权。
- 法院判决是具有法律效力的文书。如果某个债权人的工资债权已经通过法院判决得到确认，这并不意味着其就必然享有优先于其他债权人的受偿权，除非判决中明确规定了优先受偿。
实际操作建议：
- 在实际操作中，如果债务人的财产不足以清偿全部工资债权，建议债权人通过法律途径（如申请破产、参与分配等）来维护自己的权益。
- 同时，债权人也可以尝试与债务人协商，看是否能够达成某种清偿安排，以尽量减少损失。
特殊情况说明：
- 如果其中一个债权人的工资债权已经通过法律程序（如申请强制执行）获得了优先受偿的地位，那么该债权人应优先受偿。
- 如果两个债权人的工资债权均未通过法律程序获得优先受偿的地位，且债务人的财产不足以清偿全部债务，那么应按照债权比例进行清偿。
总结与建议：
- 在处理此类问题时，不能简单地根据还款协议或判决的先后顺序来决定清偿顺序。
- 而是需要依据法律规定的清偿顺序、是否存在优先受偿权以及债权比例等因素来综合判断。
- 如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。