认购协议中约定了2万元定金，但实际只交了5000元，该协议仍然是有效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、定金合同的成立与生效
定金合同的性质：定金合同是实践合同，即除了当事人意思表示一致外，还需实际交付定金才成立。但定金合同的成立并不等同于其全部条款的生效，特别是定金数额的约定与实际交付之间的差异，并不影响合同其他部分的效力。
定金数额的约定与实际交付：虽然认购协议中约定了2万元定金，但实际只交付了5000元。这并不意味着整个认购协议无效，而是定金条款中关于定金数额的部分可能因未全额交付而受到一定影响。具体来说，已交付的5000元可以视为定金的一部分，对于这部分定金，双方应按照定金罚则处理。
二、定金罚则的适用
定金罚则的基本内容：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金；给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金。
定金数额不足时的处理：在您的情况下，由于实际交付的定金数额（5000元）少于约定数额（2万元），如果一方违约，定金罚则的适用将限于已交付的5000元。即，如果收受定金的一方违约，应双倍返还这5000元；如果给付定金的一方违约，则无权请求返还这5000元。对于未交付的15000元，由于未实际交付，不适用定金罚则。
三、认购协议的整体效力
协议的整体性：认购协议除了定金条款外，还可能包含其他条款，如双方的权利义务、违约责任等。这些条款的效力并不受定金数额实际交付情况的影响。
协议的有效条件：只要认购协议是双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方具备相应的民事行为能力，该协议就是有效的。定金数额的实际交付情况并不影响协议的整体效力。
四、建议与风险提示
建议：如果双方希望按照原约定的2万元定金执行，可以协商补交剩余的定金。如果无法达成一致，可以就已交付的5000元定金按照定金罚则处理，并就协议的其他条款继续履行或协商解除。
风险提示：在处理此类纠纷时，建议双方保留好相关证据，如认购协议、定金交付凭证等。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
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