若公司章程或股东协议中有明确罚款条款且合法有效，股东拒不缴纳的，公司可通过内部决议或法律途径追缴；若相关条款违法或未约定，则公司无权直接罚款，需通过协商或诉讼解决其他纠纷。以下是具体分析：

1. 核查罚款依据的合法性
   首先需确认公司对股东罚款的依据是否合法。根据《公司法》及相关司法解释，公司章程或股东协议可约定股东违约责任（如未履行出资义务、违反竞业限制等），但罚款条款需符合以下条件：

   • 条款内容不违反法律、行政法规的强制性规定；
     
   • 罚款金额与股东违约行为造成的损失或违约程度相当；
     
   • 罚款程序需经合法决议（如股东会或董事会表决通过）。
     若条款违法或程序瑕疵（如未召开股东会、罚款金额过高），股东可主张条款无效，公司无权强制执行。

2. 合法罚款的追缴方式
   若罚款条款合法有效，股东拒不缴纳的，公司可采取以下措施：

   • 内部追缴：通过股东会决议要求股东限期缴纳，并明确逾期后果（如暂停分红、限制表决权等）；
     
   • 民事诉讼：以“违约纠纷”为由向法院起诉，要求股东支付罚款及逾期利息；
     
   • 抵销权行使：若股东对公司负有债务（如未缴出资），公司可主张用罚款抵销债务，但需通知股东并经其同意。

3. 违法罚款的处理
   若罚款条款违法（如章程约定“股东迟到罚款”），公司无权强制执行，股东可：

   • 拒绝缴纳：明确告知公司条款无效，要求撤销罚款决定；
     
   • 反诉侵权：若公司因违法罚款损害股东权益（如扣留分红），股东可起诉公司赔偿损失；
     
   • 向监管部门投诉：若公司行为涉嫌滥用股东权利，可向市场监管部门举报。

4. 替代解决方案
   若罚款无法执行，公司可考虑：

   • 修改章程：通过股东会决议删除违法条款，或重新约定合法违约责任；
     
   • 协商解决：与股东达成和解，以其他方式弥补损失（如调整分红比例、要求股东提供担保）；
     
   • 股权转让或除名：对严重违约股东，可依据章程约定强制转让股权或启动股东除名程序（需符合法定条件）。

温馨提示：公司对股东罚款需严格依法操作，否则可能引发股东纠纷或行政处罚。若您遇到具体问题，可直接向我提供章程条款、罚款决议等材料，我将进一步分析合法性并制定解决方案。