公司刚配发股权但未生效时，法院会根据具体情形采取不同处理方式，核心结论需结合以下情况判断：

1. 若股权配发因程序瑕疵未生效（如未完成工商变更登记、未签署合法协议）
   法院可能认定股权未实际交付或权利未转移。例如：

   • 若公司未履行内部决策程序（如股东会未决议）或未办理工商登记，法院可能依据《公司法》第32条，认定股权未生效，驳回原告要求确认股东资格的诉求；
     
   • 若配发协议存在无效情形（如欺诈、胁迫），法院可能依据《民法典》第143条宣告协议无效，恢复原状。

2. 若股权配发因条件未成就未生效（如附生效条件的股权转让）
   法院会审查条件是否合法且可能成就：

   • 若条件违反法律强制性规定（如“公司盈利后生效”但盈利标准模糊），法院可能认定条件无效，股权自协议签订时生效；
     
   • 若条件合法但未成就（如“员工服务满5年生效”），法院可能依据《民法典》第158条，驳回原告要求立即享有股权的请求，但可确认协议效力并要求公司配合履行条件。

3. 若股权配发涉及纠纷（如其他股东主张优先购买权）
   法院会优先保护合法权利人：

   • 若公司未通知其他股东行使优先购买权即配发股权，法院可能依据《公司法》第71条，认定配发行为无效，要求公司撤销配发并重新处置股权；
     
   • 若其他股东已放弃优先购买权，法院可能支持配发效力，但要求公司补办登记手续。

建议行动：

• 若您是公司或配发对象，需立即固定证据（如协议、决议、通知记录），并评估配发程序是否合规；
  
• 若涉及诉讼，需结合具体案情准备抗辩理由（如条件成就的证明、其他股东权利行使情况等）。
  

温馨提示：股权配发未生效可能引发多重法律风险，建议提前规划合规流程。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方案。