结论概述：结合新闻背景，孙某某因色弱被遵义医科大学运动康复专业退学，该退学程序是否合规，需从学校退学依据、体检结果差异处理、学生权益保障三个维度综合分析。以下为具体分析：

1. 学校退学依据的合规性

根据《普通高等学校学生管理规定》第十二条，学生有下列情形之一，学校可予退学处理：

• 学业成绩未达要求：经补考后仍不及格课程累计超过一定学分；
• 休学或保留学籍期满未复学：超过学校规定期限未办理复学手续；
• 未请假离校连续两周未参加教学活动；
• 学校规定的其他情形（如专业特殊要求）。

本案关键点：运动康复专业明确“不招收色盲、色弱”学生，孙某某入学体检复查被确诊色弱，属于专业限制情形。若学校在招生章程或录取通知中已明确该要求，且入学体检程序合法（如由指定医疗机构出具报告），则退学决定具有合规性。但需注意：若高考体检结果与入学体检冲突，学校需进一步核实，而非直接退学。

2. 体检结果差异的处理程序

孙某某高考体检显示正常，入学体检却确诊色弱，两份结果矛盾可能涉及以下法律问题：

• 高考体检的效力：根据《普通高等学校招生体检工作指导意见》，高考体检由省级招生委员会指定医疗机构进行，结果作为录取依据之一。若体检机构存在误诊，可能涉及医疗过错责任（《民法典》第一千二百一十八条）。
• 入学体检的独立性：学校有权组织入学体检，但需与高考体检标准一致。若入学体检程序合法（如由校医院或指定机构完成），且结果经复核无误，学校可依据专业限制退学。
• 争议解决机制：家长对体检结果有异议时，可申请第三方机构复检（《普通高等学校学生管理规定》未明确复检程序，但实践中可参照医疗纠纷处理流程）。若复检结果推翻原结论，学校应撤销退学决定。

3. 学生权益的保障路径

孙某某因体检结果差异被退学，其权益保障需关注：

• 程序正当性：学校退学决定需经校长办公会或专题会议研究，并告知学生申诉权利（《普通高等学校学生管理规定》第五十五条）。若学校未履行告知义务，退学程序违法。
• 损失补偿：若因高考体检误诊导致学生复读，家长可向体检机构主张民事赔偿（《民法典》第一千一百六十五条），但需证明误诊与损失的因果关系。
• 教育公平原则：学校在招生时未充分提示专业限制（如未在招生章程中明确），可能涉嫌侵犯学生知情权，需承担相应责任。

4. 对公众的启示与预防措施

• 学生与家长：报考前需仔细阅读招生章程，确认专业限制条件；对体检结果有异议时，及时申请复检并保留证据。
• 学校：完善入学体检流程，明确复检机制；退学决定需严格遵循程序，避免“一刀切”。
• 教育部门：加强对高考体检机构的监管，建立体检结果追溯机制，减少误诊风险。

总结：孙某某退学程序是否合规，需以学校是否履行专业限制告知义务、体检程序是否合法、学生申诉渠道是否畅通为判断标准。若学校程序合规，退学决定合法；若存在程序瑕疵，学生可通过申诉或诉讼维权。建议家长与学校协商复检，或向教育主管部门申请行政复议，必要时提起行政诉讼。