员工休假后再请假，工资扣除方式需根据请假类型、公司规章制度及法律法规综合判断，具体分析如下：

1. 法定带薪休假期间再请假
   若员工在法定节假日、年休假、婚假、产假等法定带薪休假期间，因特殊原因需额外请假，公司不得扣除其法定带薪休假期间的工资。但若请假时间超出法定休假天数，超出部分可能按事假处理，具体需结合公司规章制度。例如：员工年休假5天，期间因病需额外请假3天，前5天工资全额发放，后3天按事假或病假处理。

2. 非法定带薪休假期间再请假
   若员工在周末、调休等非法定带薪休假期间请假，工资扣除需区分请假类型：

   • 事假：公司可依据规章制度扣除当日工资（通常按日工资标准计算，如月工资÷21.75天）。
     
   • 病假：需提供医疗证明，工资扣除比例通常低于事假（如按当地最低工资标准的80%发放）。
     
   • 其他假期（如丧假、探亲假）：扣除方式需符合公司规定及地方性法规。

3. 公司规章制度与劳动合同的优先性
   若公司规章制度或劳动合同对请假扣薪有明确约定（如“事假每日扣200元”），且该约定不违反法律强制性规定（如不低于最低工资标准），公司可按约定执行。但若规章制度未明确或与法律冲突（如“事假全月无薪”），则以法律规定为准。

4. 地方性法规的特殊规定
   部分地区对请假扣薪有细化规定（如《江苏省工资支付条例》规定病假工资不得低于当地最低工资标准的80%），公司需优先遵守地方性法规。若地方无特殊规定，则适用《劳动法》《劳动合同法》等上位法。

建议：员工请假前应查阅公司规章制度及劳动合同，确认请假类型及扣薪规则；公司应确保规章制度合法合规并履行告知义务。若发生争议，可依据具体证据（如请假单、工资条、规章制度等）通过劳动仲裁或诉讼解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询。