结论：公司出具的结清证明与包工头打的欠条，其法律效力及作用需视具体情况而定，两者并不必然相互排斥或无效。
一、结清证明与欠条的法律性质
结清证明：
- 结清证明通常是由公司出具，用于证明与某一方（如包工头或其代表的施工队伍）之间的债务已经清偿完毕的文件。
- 它具有证明债务已结清的效力，是债务关系终结的一种法律文件。
欠条：
- 欠条是债务人向债权人出具的，表明其欠付债权人一定金额款项的书面凭证。
- 它具有证明债务存在及金额的效力，是债权人追讨债务的法律依据。
二、结清证明与欠条并存的情况分析
若结清证明真实有效，且涵盖全部债务：
- 如果公司出具的结清证明真实、合法，且明确表明与包工头或其代表的施工队伍之间的所有债务已经结清，那么这份结清证明将具有较高的法律效力。
- 在此情况下，包工头之前打的欠条可能因债务已结清而失去追讨效力，除非能证明结清证明存在虚假或遗漏债务的情况。
若结清证明存在瑕疵或未涵盖全部债务：
- 如果结清证明存在瑕疵（如签名不实、日期错误等），或者未明确涵盖与包工头之间的所有债务，那么包工头之前打的欠条可能仍然具有法律效力。
- 在此情况下，债权人（如公司或其代表）仍有可能依据欠条向包工头追讨未结清的债务。
若欠条与结清证明涉及不同债务：
- 如果欠条与结清证明涉及的是不同的债务（如结清证明针对的是材料款，而欠条针对的是人工费），那么两者将并存且各自具有法律效力。
- 在此情况下，债权人可以分别依据欠条和结清证明（如涉及未结清部分）向债务人追讨相应的债务。
三、法律建议
核实结清证明的真实性与合法性：
- 在收到结清证明后，应仔细核实其真实性、合法性及完整性，确保其确实涵盖了与包工头之间的所有债务。
保留欠条作为备选证据：
- 在债务未完全结清或结清证明存在瑕疵的情况下，应妥善保留欠条作为备选证据，以备不时之需。
及时咨询专业律师：
- 如遇债务纠纷或法律疑问，应及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。
举例说明：假设公司向包工头支付了材料款，并出具了结清证明。但后来发现，包工头还欠公司一部分人工费未支付，且这部分人工费并未包含在结清证明中。此时，公司仍可以依据包工头之前打的人工费欠条向其追讨这部分债务。
总结：公司出具的结清证明与包工头打的欠条，其法律效力及作用需根据具体情况来判断。在处理此类问题时，应仔细核实相关证据的真实性与合法性，并保留必要的备选证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。