要合法办理水井使用水泵，首先需要明确的是，这一行为主要受到《中华人民共和国水法》、《地下水管理条例》以及地方性相关法规的规范。以下是一个详细的步骤指南，帮助您合法地办理水井使用水泵：

一、了解相关法律法规

在办理水井使用水泵之前，您需要详细了解国家及地方关于水资源管理、地下水开采、取水许可等方面的法律法规。特别是要关注《中华人民共和国水法》和《地下水管理条例》，这些法规对地下水的开采、使用和管理有明确规定。

二、确认水井性质及用途

1. 确认水井类型：首先，您需要确认您的水井是应急备用水源井还是常规取水井。如果是应急备用水源井，如甘州区所规定的，需要遵循特定的管理办法。
2. 明确用途：水井的使用应仅限于合法用途，如农业灌溉、生活用水等，不得用于非法或商业性大规模取水。

三、申请取水许可

1. 准备申请材料：根据当地水务部门的要求，准备相关的申请材料，包括但不限于水井成井时间、水质水量报告、取水用途说明等。
2. 提交申请：将申请材料提交给当地水务部门或相关管理机构，申请取水许可。
3. 等待审批：水务部门会对您的申请进行审查，包括现场踏勘、水质检测等，以确认您的取水行为是否符合法律法规要求。

四、安装水泵及配套设施

1. 选择合规水泵：在获得取水许可后，您需要选择符合国家标准的水泵进行安装。
2. 安装计量设施：根据法规要求，您可能需要安装计量水表等设施，以准确记录取水量。
3. 确保安全：在安装过程中，要确保水泵及配套设施的安全性和稳定性，避免对周围环境造成影响。

五、遵守使用规定

1. 定期试运行：如果是应急备用水源井，如甘州区所规定的，需要定期进行试运行，以确保水泵及配套设施的正常运行。
2. 控制取水量：严格遵守取水许可中规定的取水量限制，避免超量取水。
3. 接受监管：自觉接受水务部门的监管和检查，确保取水行为的合法性和合规性。

六、处理违规行为

如果您在取水过程中违反了相关法律法规或取水许可的规定，可能会面临行政处罚，包括罚款、停止供水等。因此，务必严格遵守相关规定，避免违规行为的发生。

七、了解救济渠道

如果您对水务部门作出的行政处罚决定不服，可以根据我国《行政复议法》、《行政诉讼法》的有关规定，在收到行政处罚决定书之日起60日内向相关政府部门申请行政复议，或者在收到行政处罚决定书之日起三个月内直接向人民法院提起行政诉讼。

综上所述，合法办理水井使用水泵需要您详细了解相关法律法规、确认水井性质及用途、申请取水许可、安装合规水泵及配套设施、遵守使用规定，并了解救济渠道。希望这些信息能对您有所帮助。