公司在员工怀孕期间擅自降低其工资，一般情况下是不合法的。这一结论主要基于以下几部法律法规的分析：
《中华人民共和国妇女权益保障法》：
- 该法第二十七条明确规定，任何单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。这一条款直接保护了女职工在怀孕期间的工资权益，防止因生育行为而遭受经济上的不合理损失。
《女职工劳动保护特别规定》：
- 根据该规定第五条，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资或与其解除劳动（聘用）合同。这一规定进一步强化了女职工在孕期的法律保护，确保了她们在特殊生理时期的合法权益。
《中华人民共和国劳动法》与《中华人民共和国劳动合同法》：
- 《劳动法》第三条和第四十六条分别规定了劳动者享有平等就业和取得劳动报酬的权利，以及工资分配应遵循按劳分配、同工同酬的原则。孕期女职工正常提供劳动，降低其工资违反了这些原则。
- 《劳动合同法》第三十五条和第四十二条则规定了变更劳动合同内容需用人单位与劳动者协商一致，并采用书面形式，以及用人单位不得因女职工在孕期、产期、哺乳期内而解除劳动合同或降低工资。这些条款共同构成了对孕期女职工工资权益的全面保护。
特殊情况分析：
尽管法律规定了不得降低怀孕女职工的工资，但也存在一些特殊情况。如果用人单位能够证明女职工在怀孕期间不能胜任原工作岗位，并且经过培训或者调整工作岗位后仍不能胜任工作，同时调整后的工资不低于当地最低工资标准，并且这一调整是基于公司合法有效的规章制度，那么这种工资调整可能被认定为合法。然而，这种情况下，用人单位需要承担严格的举证责任，证明降薪行为的合法性和合理性。
应对措施建议：
如果女职工遇到公司在孕期降工资的情况，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与公司协商：首先尝试与公司沟通，明确指出降薪行为的违法性，要求恢复原有工资待遇或补足工资差额。
- 寻求调解：可向本单位劳动争议调解委员会、基层人民调解组织或具有劳动争议调解职能的乡镇、街道组织申请调解，以寻求和解。
- 申请劳动仲裁：若协商和调解无果，女职工可在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面仲裁申请。
- 提起诉讼：对仲裁裁决不服的，除法律另有规定外，可自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自身权益。
综上所述，公司在员工怀孕期间擅自降低其工资是不合法的行为，除非存在特殊情况并经过严格的举证程序。女职工应当了解自己的合法权益，并在遭遇此类问题时采取适当的措施来维护自己的利益。如果有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。