针对您描述的“村会计支工程钱后给了书记，书记不承认且无直接证据，仅有签字发票”的情况，核心前提是涉及村级财务管理中的款项支付与责任认定问题，核心要点在于如何处理无直接证据下的责任争议。以下是我的分析：
证据收集与固定：
- 签字发票的效力：签字发票作为书面证据，能够证明款项的支付事实及支付对象（即书记）。但需确认签字是否为书记本人所签，以及签字时是否明确表示了接收款项的意思。若签字真实且能合理解释为接收款项，则发票具有一定的证明力。
- 其他间接证据：尝试收集其他可能存在的间接证据，如会计的记账凭证、银行转账记录（如有）、相关会议记录或证人证言（如其他村干部或知情村民），这些证据可能间接证明款项的流向和书记的接收情况。
法律程序与途径：
- 协商解决：首先，可以尝试通过村内协商或调解的方式解决争议，邀请第三方（如乡镇政府、司法所）介入，促进双方沟通，寻求和解。
- 行政投诉：若协商无果，可以向乡镇政府或相关财政、审计部门投诉，要求对村级财务进行审计，查明款项的真实去向。
- 法律诉讼：作为最后手段，若其他途径均无法解决问题，可以考虑向法院提起民事诉讼，要求书记返还不当得利或承担相应责任。但需注意，诉讼需有充分的证据支持，否则可能面临败诉风险。
风险防范与建议：
- 完善财务管理制度：建议村级组织完善财务管理制度，明确款项支付流程、审批权限及责任追究机制，避免类似争议再次发生。
- 增强证据意识：在未来的财务活动中，应增强证据收集与保存意识，确保每一笔款项的支付都有完整的书面记录和证据链。
结论：在仅有签字发票且无其他直接证据的情况下，解决此争议需综合运用证据收集、法律程序与风险防范等多种手段。建议首先通过协商和行政途径解决，若无法达成一致，再考虑法律诉讼。同时，应加强村级财务管理，预防类似问题再次发生。如有进一步疑问或需要具体法律指导，请直接向我咨询。