甲方直接发包的专项工程费是否包含在总承包合同价内，这主要取决于总承包合同的具体条款以及双方当事人的约定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 合同条款的明确约定

• 包含在内的情况：如果总承包合同中明确规定了甲方直接发包的专项工程费作为总承包合同价的一部分，或者通过合同附件、补充协议等形式明确了这一点，那么该费用就应当包含在总承包合同价内。这种情况下，总承包商在报价时应当已经考虑了这部分费用，并据此进行了成本估算和利润预测。

• 不包含在内的情况：相反，如果总承包合同中明确排除了甲方直接发包的专项工程费，或者双方通过其他方式（如单独签订的专项工程合同）约定了该费用的支付方式和标准，那么该费用就不应包含在总承包合同价内。这种情况下，总承包商和专项工程承包商将分别就各自的工作内容与甲方进行结算。

2. 合同解释的原则

• 在合同条款存在模糊或歧义时，应遵循合同解释的原则来确定甲方直接发包的专项工程费是否包含在总承包合同价内。这通常包括：
  • 文义解释：根据合同条款的字面含义进行解释。
  • 目的解释：根据合同的目的和宗旨进行解释，以确定双方当事人的真实意图。
  • 习惯解释：参照行业习惯或交易惯例进行解释。

3. 实际操作中的注意事项

• 明确合同条款：为了避免纠纷，双方在签订总承包合同时应尽可能明确、具体地约定甲方直接发包的专项工程费是否包含在总承包合同价内。这可以通过在合同中设置专门的条款或附件来实现。

• 保留相关证据：在合同履行过程中，双方应妥善保管与甲方直接发包的专项工程费相关的所有证据，包括但不限于合同、发票、付款凭证等。这些证据将在发生纠纷时起到至关重要的作用。

• 及时沟通协商：如果在合同履行过程中出现了关于甲方直接发包的专项工程费是否包含在总承包合同价内的争议，双方应及时进行沟通协商，以寻求妥善的解决方案。如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决纠纷。

建议：在实际操作中，为了避免因甲方直接发包的专项工程费是否包含在总承包合同价内而产生的纠纷，双方应在签订合同时就明确约定这一点，并在合同履行过程中保持密切的沟通和协作。如果遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。