律师持法院调查令调取被告人档案是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，律师在办理案件过程中，有权向有关单位和个人调查与案件有关的情况，查阅、复制本案有关材料和法律文书。法院调查令是法院为了保障律师的调查取证权而签发的一种法律文书，律师持法院调查令可以依法向相关单位调取与案件有关的证据材料，包括被告人档案等。
二、合法性分析
律师调查取证权：律师作为法律专业人士，在办理案件过程中享有调查取证权。这是律师履行职责、维护当事人合法权益的重要手段。法院调查令的签发，正是为了保障律师的这一权利得以实现。
法院调查令的效力：法院调查令具有法律效力，相关单位和个人应当予以配合。律师持法院调查令调取被告人档案，是依法行使调查取证权的行为，符合法律规定。
档案调取的合法性：被告人档案属于与案件有关的证据材料，律师在办理案件过程中有权调取。持法院调查令调取档案，既保障了律师的调查取证权，又确保了档案调取的合法性和规范性。
三、实际操作中的注意事项
调查令的申请与签发：律师在申请法院调查令时，应当向法院提交书面申请，说明调查取证的目的、范围和理由。法院在审查后，认为符合条件的，会签发调查令。
调查令的出示与使用：律师在调取档案时，应当向相关单位出示法院调查令，并说明调取档案的目的和范围。相关单位在核实调查令的真实性和有效性后，应当予以配合。
档案的保管与使用：律师在调取档案后，应当妥善保管，并按照法律规定和法院的要求使用。不得将档案泄露给无关人员或用于非法目的。
四、可能面临的法律后果
如果律师在调取档案过程中违反法律规定或法院调查令的要求，如伪造、变造调查令，或者将调取的档案用于非法目的等，可能会面临法律责任。包括但不限于被法院处罚、承担民事责任甚至刑事责任。
建议：律师在持法院调查令调取被告人档案时，应当严格遵守法律规定和法院的要求，确保调查取证行为的合法性和规范性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。