若协议已履行且无争议，通常无需额外处理，但需注意保留履行证据以防未来纠纷。具体分析如下：

1. 协议履行完毕且无争议
   若双方已按协议约定完成各自义务（如付款、交付货物、提供服务等），且无任何一方提出异议，则协议自然终止。此时建议：

   • 保留履行证据：如转账记录、收货单、服务确认单、沟通记录等，证明双方已按约履行。
     
   • 无需主动注销协议：除非协议中有特别约定（如履行后需销毁或归档），否则可自行保存备查。
     

2. 协议履行中存在争议
   若一方认为对方未完全履行（如部分付款未到账、货物质量不符等），需按协议争议解决条款处理：

   • 协商解决：优先通过沟通协商，明确未履行部分及补救措施（如补付尾款、更换货物等）。
     
   • 调解或仲裁：若协商无果，可依据协议中的调解或仲裁条款，向指定机构申请处理。
     
   • 诉讼：若协议未约定仲裁，或对仲裁结果不服，可向法院提起诉讼，要求对方继续履行或赔偿损失。
     

3. 协议履行后发现新问题
   若履行完毕后发现对方存在隐瞒事实（如货物存在隐蔽瑕疵、服务未达约定标准等），可依据《民法典》相关规定主张权利：

   • 质量保证期：若协议或法律对质量保证期有规定（如买卖合同中货物保修期），可在期限内要求对方承担责任。
     
   • 欺诈或重大误解：若对方故意隐瞒关键信息导致协议显失公平，可主张撤销协议或要求赔偿。
     

建议：无论协议是否履行完毕，均建议定期复盘协议条款，确保双方权利义务清晰。若有疑问或发现风险，可直接向我咨询，我会结合具体协议内容及法律规定，为您提供详细解决方案。