父子双方协议上的签字人死后，协议是否有效需根据协议的性质和内容来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、协议性质对效力的影响
与人身相关的协议：
- 如果协议涉及的是与人身紧密相关的权利义务，如赡养协议、遗赠扶养协议等，这些协议通常与特定人的人身关系紧密相连。当签字人（如父亲）死亡后，协议的履行基础可能不复存在，因此协议可能会因主体死亡而失效。
财产性质的协议：
- 对于纯属财产性质的协议，如买卖合同、租赁合同等，签字人的死亡通常不会影响协议的效力。只要协议内容合法、双方意思表示真实且符合法定形式，即使签字人死亡，其继承人在继承遗产的范围内仍需承担相应的合同义务。
二、协议内容对效力的影响
合法且明确的协议：
- 如果协议内容合法、条款明确，且不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形，那么即使签字人死亡，协议仍然有效。继承人需要按照协议内容履行义务或主张权利。
违法或模糊的协议：
- 如果协议内容违反法律法规强制性规定，或者条款模糊不清、相互矛盾，那么协议可能存在效力瑕疵。在这种情况下，即使签字人未死亡，协议也可能被认定为无效或可撤销。签字人死亡后，协议的效力问题可能更加复杂，需要结合具体情况进行判断。
三、特殊情况下的协议效力
委托合同：
- 如果协议是委托合同，根据《民法典》的相关规定，委托人死亡或终止的，委托合同原则上终止。但是，如果当事人另有约定或者委托事务的性质不宜终止的除外。例如，如果委托人死亡将损害委托人利益，受托人应在继承人承受委托事务前继续处理。
附条件或附期限的协议：
- 如果协议约定了附条件或附期限的生效或失效条款，那么签字人死亡后，需要根据实际情况判断是否满足这些条件，从而确定协议是否继续有效。
四、法律建议
审查协议性质和内容：
- 在处理此类问题时，首先需要审查协议的性质和内容，以确定其是否属于与人身相关的协议或财产性质的协议。
咨询专业律师：
- 由于协议效力问题可能涉及复杂的法律判断和事实认定，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和指导。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会结合您协议的具体情况，给出专业的法律建议。
考虑继承人的权益：
- 如果签字人死亡后协议仍然有效，那么需要考虑继承人的权益。继承人可能需要按照协议内容履行义务或主张权利，因此需要确保协议内容合法、明确且符合继承人的利益。
总结：父子双方协议上的签字人死后，协议是否有效需根据协议的性质、内容以及相关法律规定进行综合判断。在处理此类问题时，建议仔细审查协议条款并咨询专业律师以确保自身权益得到保障。如果您有具体的协议内容或更详细的情况描述，可以直接向我咨询，我会给出更具体的法律建议。