结论：农户不会写字时，可以由他人代签土地流转合同，农户按指印确认，该合同在符合法定要件的情况下具有法律效力。以下是具体分析：

1. 代签行为的合法性

根据《民法典》第161条、第162条，民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。若农户因不识字无法亲自签署合同，可委托他人代签，但需满足以下条件：

• 明确授权：代签人需持有农户的书面或口头授权（实践中建议通过村委会见证或录音录像留存证据）；
• 真实意思表示：代签内容必须完全反映农户的真实意愿，不得篡改或添加条款；
• 利益无冲突：代签人不得与合同相对方存在利益关联（如亲属关系需披露）。

2. 按指印的法律效力

按指印是传统且有效的确认方式，其效力等同于签名：

• 法律依据：《民法典》第490条明确，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或按指印时合同成立；
• 实践要求：指印需清晰可辨，建议按在姓名或关键条款处，并由见证人（如村干部）签字确认；
• 风险防范：若合同存在争议，指印的真实性可能需通过司法鉴定确认，因此建议同步留存农户按指印的视频或照片。

3. 合同生效的额外要件

除代签和按指印外，土地流转合同还需满足：

• 主体资格：流转方需为土地承包经营权人，受让方需为从事农业生产经营的单位或个人；
• 内容合法：流转期限不得超过承包期的剩余期限，不得改变土地农业用途；
• 程序合规：需报发包方（村集体）备案，涉及本集体经济组织以外受让方的，需事先经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或代表同意。

4. 实务建议

• 优先选择书面授权：即使农户不识字，也可通过按指印确认授权书，避免口头授权的举证风险；
• 见证人制度：邀请村干部或中立第三方作为见证人，并在合同上签字；
• 合同条款简化：使用通俗语言撰写合同，避免专业术语，确保农户理解内容；
• 留存证据：保存授权过程、指印确认的影像资料，以备后续争议。

提示：若合同相对方拒绝接受代签或指印，可能存在欺诈风险，建议暂停签署并咨询。如有具体合同文本需要审查，可直接向我提供细节。