针对“三方协议中母公司有资质而子公司无资质”的问题，核心结论在于需根据协议内容、实际履行情况及法律规定，综合判断并采取相应措施以确保协议合法有效。以下从不同角度进行分析：

1. 协议主体与资质审查：

   • 首先，需明确三方协议中的主体身份，即母公司、子公司及第三方（如客户、供应商等）。若协议明确约定由母公司承担特定业务或责任，且母公司具备相应资质，则协议本身在主体资质上可能不存在问题。
   • 若协议中涉及子公司需履行无资质的业务，则可能构成违法。此时，应审查协议中是否有关于子公司资质不足时的替代方案或责任承担条款。

2. 实际履行与合规性：

   • 实际履行过程中，若子公司实际承担了无资质的业务，可能面临行政处罚或合同无效的风险。此时，应立即停止子公司的违规行为，并考虑由母公司直接履行或寻找具备资质的第三方合作。
   • 若已发生违规行为，应尽快与第三方协商，寻求解决方案，如修改协议、补充资质证明或承担违约责任等。

3. 法律后果与风险防范：

   • 根据《中华人民共和国合同法》及相关行业法规，无资质主体从事需资质的业务，可能导致合同无效或被撤销，并可能面临行政处罚。
   • 为防范风险，建议在签订三方协议前，对各方资质进行全面审查，并在协议中明确资质不足时的处理方式和责任承担。
   • 若已签订协议且发现资质问题，应立即评估法律风险，并采取补救措施，如补充资质、修改协议或寻求法律救济等。

4. 具体操作建议：

   • 修改协议：若可能，与第三方协商修改协议，明确由具备资质的母公司承担相关业务，或寻找具备资质的第三方合作。
   • 补充资质：若子公司可通过合法途径获得所需资质，应尽快办理相关手续，以符合协议要求。
   • 承担违约责任：若无法修改协议或补充资质，且已实际履行违规业务，应考虑与第三方协商承担违约责任，以减少损失。
   • 法律救济：若与第三方协商无果，且认为自身权益受到侵害，可寻求法律救济，如提起诉讼或申请仲裁等。

在实际操作中，建议根据具体情况采取相应措施，并咨询专业律师以确保合法合规。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。