承包土地经营权颁证程序违法，是可以申请撤销的。下面我从法律背景、具体情形和法律后果三个角度为你详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国农村土地承包法》以及《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》的相关规定，农村土地承包经营权证的颁发必须遵循严格的法定程序，包括但不限于土地权属的审核、土地用途的确认、承包合同的签订以及乡（镇）人民政府的书面申请等环节。这些程序旨在确保土地承包经营权的合法性和有效性，保护承包方的合法权益。
具体情形
程序违法：如果颁证机关在颁发农村土地承包经营权证的过程中，违反了法定程序，如未审核土地用途、未实地查看、未取得乡（镇）人民政府的书面申请等，就可能构成程序违法。例如，在某案例中，颁证机关未审核相关土地用途以及土地权属来源，简单以承包合同进行颁证，且未实地查看，导致未利用地被作为耕地进行发包，这就属于典型的程序违法。
事实不清、证据不足：除了程序违法外，如果颁证机关在颁发农村土地承包经营权证时，对土地权属、面积、四至等关键事实认定不清，或者缺乏必要的证据支持，也可能导致颁证行为被撤销。例如，在同一块土地被登记在两人名下的情况下，如果颁证机关未能准确查明土地权属，就可能引发纠纷，并导致颁证行为被撤销。
法律后果
撤销颁证行为：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，如果行政行为（包括颁证行为）存在主要证据不足、适用法律错误、违反法定程序等情形，人民法院可以判决撤销或者部分撤销该行政行为。这意味着，如果承包土地经营权颁证程序违法，相关利害关系人可以向人民法院提起行政诉讼，请求撤销颁证行为。
重新颁证：在颁证行为被撤销后，颁证机关通常需要重新进行颁证程序，确保符合法定要求。这包括重新审核土地权属、确认土地用途、签订承包合同以及取得乡（镇）人民政府的书面申请等。
建议：如果你发现承包土地经营权颁证程序存在违法情形，建议及时收集相关证据，如颁证文件、承包合同、土地权属证明等，并向人民法院提起行政诉讼，请求撤销违法的颁证行为。同时，你也可以咨询我，获取更具体的法律建议和指导。