若承包经营权证被违法撤销，可通过行政赔偿诉讼或行政补偿程序申请赔偿。以下是具体的分析步骤和法律依据：

一. 分析承包经营权证被违法撤销的法律后果

1. 承包经营权的丧失：承包经营权证是承包方享有土地承包经营权的法律凭证。若该证件被违法撤销，承包方将直接丧失对土地的承包经营权。
2. 国家赔偿的法律依据：根据相关法律法规，行政机关及其工作人员在行使行政职权时，若侵犯公民、法人或其他组织的合法权益，造成损害的，应依法承担赔偿责任。

二. 申请赔偿的具体途径

1. 行政赔偿诉讼

   • 适用情形：若承包经营权证被违法撤销是由行政机关的具体行政行为导致的，承包方可依法提起行政赔偿诉讼。
   • 法律依据：《国家赔偿法》等相关法律法规规定了行政赔偿的范围、程序和标准。承包方可依据这些规定，向有管辖权的人民法院提起行政赔偿诉讼，要求赔偿因承包经营权证被违法撤销而造成的损失。

2. 行政补偿程序

   • 适用情形：在某些情况下，虽然承包经营权证被撤销，但撤销行为可能基于公共利益或政策调整等合法原因，此时承包方可通过行政补偿程序获得相应的补偿。
   • 操作建议：承包方应主动与撤销证件的行政机关沟通，了解撤销的具体原因和依据，并依据相关法律法规和政策规定，提出合理的补偿要求。

三. 赔偿或补偿的具体内容

• 直接损失：包括因承包经营权丧失而导致的土地收益损失、投入成本损失等。
• 间接损失：若承包方因承包经营权丧失而遭受的其他相关损失，如预期利益损失、信誉损失等，也可在赔偿或补偿范围内予以考虑。

四. 法律建议

• 保留证据：承包方应妥善保留与承包经营权证被撤销相关的所有证据，如撤销决定、相关通知、证明材料等，以便在申请赔偿或补偿时提供有力支持。
• 咨询专业律师：鉴于法律程序的复杂性和专业性，我建议承包方在申请赔偿或补偿前，咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。

综上所述，若承包经营权证被违法撤销，承包方可通过行政赔偿诉讼或行政补偿程序申请赔偿。在申请过程中，应保留好相关证据，并咨询专业律师以确保自身权益得到充分保障。