因擅自变更承包关系导致的确权错误，若造成他人损害，应承担赔偿责任。具体分析如下：
一. 赔偿责任主体
- 登记错误赔偿：根据《中华人民共和国民法典》第二百二十二条，因登记错误，造成他人损害的，登记机构应当承担赔偿责任。在此情况下，若确权错误是由于登记机构的失误导致的，那么登记机构需要承担相应的赔偿责任。
- 提供虚假材料赔偿：同样依据《中华人民共和国民法典》第二百二十二条，当事人提供虚假材料申请登记，造成他人损害的，也应当承担赔偿责任。如果擅自变更承包关系的行为涉及提供虚假材料，那么行为人同样需要承担赔偿责任。
二. 赔偿处理流程
- 申请更正登记：根据《中华人民共和国民法典》第二百二十条，权利人、利害关系人认为不动产登记簿记载的事项错误的，可以申请更正登记。在发现确权错误后，首先应尝试通过更正登记来纠正错误。
- 协商或诉讼：若更正登记无法解决问题，或者因确权错误已经造成实际损害，受损方可以与责任方进行协商，要求赔偿。协商不成时，可以依据《中华人民共和国土地管理法》第十四条，向人民政府申请处理，或者直接向人民法院提起诉讼，以维护自身权益。
三. 赔偿范围与计算
赔偿范围通常包括因确权错误导致的直接损失和间接损失。具体赔偿金额应根据实际情况进行计算，包括但不限于因确权错误导致的经营损失、律师费、诉讼费等。
我建议，在面临擅自变更承包关系导致的确权错误问题时，首先应尝试通过更正登记来纠正错误。若无法纠正或已经造成损害，应及时与责任方协商或寻求法律途径解决，以维护自身合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。