结论：在信用卡协商二次分期还款的情况下，同一个银行卡是否会被扣款，主要取决于协商的具体内容、银行的操作流程以及还款账户的设置情况。
分析角度一：协商内容
协商明确禁止自动扣款：
- 如果在协商二次分期还款的过程中，您与银行明确约定了禁止从该银行卡自动扣款，或者指定了其他还款方式（如手动转账、第三方支付平台等），那么银行通常不会从该银行卡扣款。
- 法律依据：根据《合同法》的相关规定，合同双方可以约定合同的内容，包括还款方式。如果协商中明确禁止了自动扣款，银行应遵守该约定。
协商未明确禁止自动扣款：
- 如果在协商过程中，您没有与银行明确约定禁止自动扣款，或者协商内容中未涉及还款方式的具体规定，那么银行可能会根据其内部操作流程，继续从该银行卡扣款。
- 风险提示：在这种情况下，您需要密切关注银行卡的交易记录，确保银行没有未经授权的扣款行为。如果发现异常扣款，应及时与银行联系并核实情况。
分析角度二：银行操作流程
银行内部操作流程：
- 不同银行对于信用卡还款的操作流程可能有所不同。有些银行可能在协商二次分期还款后，会自动调整还款方式，停止从原银行卡扣款；而有些银行则可能继续按照原有的还款方式进行扣款。
- 建议：在协商二次分期还款时，您可以主动向银行了解其操作流程和还款方式的具体规定，以便更好地掌握还款情况。
还款账户设置：
- 如果您在协商过程中更改了还款账户，或者指定了新的还款银行卡，那么银行通常会按照新的还款账户进行扣款。
- 注意事项：在更改还款账户时，请确保提供的信息准确无误，并及时与银行确认更改是否成功。避免因信息错误或更改不及时而导致还款失败或逾期。
分析角度三：实际操作建议
与银行保持沟通：
- 在协商二次分期还款的过程中，建议您与银行保持密切的沟通。及时了解协商的进展情况和还款方式的具体规定，确保双方对还款事宜有明确的共识。
关注银行卡交易记录：
- 无论协商结果如何，您都应密切关注银行卡的交易记录。确保银行没有未经授权的扣款行为，并及时发现并处理任何异常情况。
保留相关证据：
- 在协商过程中，建议您保留好与银行沟通的相关证据，如聊天记录、邮件往来等。这些证据在后续可能出现的纠纷中，将起到重要的证明作用。
总结与建议：在信用卡协商二次分期还款的情况下，同一个银行卡是否会被扣款，取决于协商的具体内容、银行的操作流程以及还款账户的设置情况。为了确保还款的顺利进行，并避免不必要的纠纷，建议您在协商过程中与银行保持密切的沟通，明确还款方式的具体规定，并密切关注银行卡的交易记录。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。