小股东拒绝签署共同借款协议，在法律上是合法的，但具体后果需视情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面：小股东有权拒绝签署
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，任何一方均有权决定是否签订合同。因此，小股东作为独立的民事主体，有权根据自己的意愿决定是否签署共同借款协议。
股东权利与义务：股东在公司中享有权利并承担义务，但这些权利和义务通常限于公司章程和法律法规规定的范围内。共同借款协议并非股东必须签署的文件，除非公司章程或相关法律法规有特别规定。因此，小股东拒绝签署共同借款协议，并不违反其作为股东的基本义务。
二、实际后果：需考虑多种因素
公司决策与运营：如果共同借款协议是公司为了运营或发展需要而拟定的，且需要全体股东或特定比例股东签署才能生效，那么小股东的拒绝签署可能会影响协议的生效和公司的融资计划。在这种情况下，公司可能需要寻求其他融资方式或调整借款方案。
股东关系与治理：小股东的拒绝签署可能会引发股东之间的分歧和矛盾，影响公司的治理和稳定。因此，在处理此类问题时，公司应充分考虑股东之间的利益平衡和沟通协商，以维护公司的整体利益。
法律责任与风险：如果小股东拒绝签署共同借款协议，但公司或其他股东因此遭受了损失，且能够证明该损失与小股东的拒绝签署行为存在因果关系，那么公司或其他股东可能会要求小股东承担相应的法律责任。然而，这种责任通常需要在具体案件中根据事实和法律进行判断。
三、建议与措施
沟通协商：在面临小股东拒绝签署共同借款协议的情况时，公司应首先与小股东进行沟通协商，了解其拒绝签署的原因和顾虑，并尝试寻求双方都能接受的解决方案。
调整方案：如果沟通协商无果，公司可以考虑调整借款方案或寻求其他融资方式，以降低对共同借款协议的依赖。
法律途径：如果公司认为小股东的拒绝签署行为给公司造成了损失，且该损失与小股东的行为存在因果关系，公司可以考虑通过法律途径追究小股东的法律责任。但在此之前，公司应充分评估法律风险和成本效益。
总结来说，小股东拒绝签署共同借款协议在法律上是合法的，但具体后果需考虑公司决策与运营、股东关系与治理以及法律责任与风险等多种因素。如果您在处理此类问题时遇到法律难题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。